Mots-Clés

virologie pipeline interface web génomique transcriptomique

Description

Equipe THERAVIR – Institut Pierre Louis d’épidémiologie et de santé publique:

L'Institut d'épidémiologie et de santé publique Pierre Louis a été créé en janvier 2014 en tant que laboratoire unique rassemblant toutes les forces de recherche en épidémiologie et en santé publique de Sorbonne Université, afin d'accroître notre visibilité et notre attractivité, de faciliter les travaux collaboratifs inter équipes et d’assurer une affectation plus efficace du personnel administratif ou opérationnel. Les activités de notre équipe sont caractérisées par des approches aussi bien fondamentales qu'appliquées. Nous développons des projets de recherche avec des implications immédiates sur la prise en charge des patients et les processus de prise de décisions des politiques de santé, mais également des projets plus fondamentaux afin de mieux caractériser la génétique et la résistance virale, la physiopathologie de l’infection à VIH et des maladies virales qui lui sont associées. Notre programme scientifique est basé sur une recherche translationnelle allant de la paillasse, en passant par le lit du malade, jusqu’à l’échelon de la population. L'interaction entre ces différentes approches est un point clé de notre équipe. En effet, il est tout à fait unique de pouvoir combiner au sein d’une même équipe le développement de molécules antivirales, l’étude des mécanismes moléculaires de la résistance, l'évaluation de l’efficacité clinique de médicaments ou de stratégies thérapeutiques et leur mise en œuvre au niveau populationnel, avec également une orientation et un engagement fort vers les pays à ressources limitées.

 

Missions et activités principales:

Sous la supervision de deux ingénieurs d’études spécialisés en bio-informatique, biologie moléculaire et microbiologie, l’étudiant participera au développement d’une plateforme d’analyses de données génomiques de séquençage de nouvelle génération. Son développement nécessitera de concevoir des pipelines bio-informatiques, de les tester et de programmer leurs utilisations via une application web Django ou Java.

Connaissances et compétences professionnelles:

1) Compétences opérationnelles :

- Titulaire d’un diplôme de niveau Bac +3 en biologie, biostatistiques, bio-informatique et /ou informatique, ainsi qu’une validation d’une première année de Master dans les mêmes domaines

- Maîtrise de la programmation R, Python, Nextflow et Bash. La maîtrise de Java serait un plus

- Maîtrise des packages Tidyverse, Gt, Gtsummary et Biocmanager sur R, des packages Biopython et Django sur Python

- Maîtrise des environnements conda et container docker

- Maîtrise du système de gestion de versions Git

- Maîtrise de l’anglais scientifique

- Connaissances théoriques des technologies de séquençages de nouvelles générations (NGS)

- Connaissances théoriques du traitement de données NGS pour la génomique et la transcriptomique

- Connaissances basiques en virologie fondamentale

2) Compétences comportementales :

- Bon relationnel et sens du travail en équipe

- Disponibilité et réactivité

- Organisation et rigueur

- Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes