Mots-Clés

Riboseq RNAseq metabarcoding small RNA

Description

Les plantes sont associées à une large diversité de microorganismes (bactéries et champignons) assemblés en microbiote. Ce microbiote, notamment celui sous l’influence des racines (rhizosphère), contribue fortement à la capacité d’adaptation et de résistance de la plante face aux stress biotiques (bioagresseurs). L’étude de la diversité du microbiote du sol et des interactions entre la plante, ses microorganismes associés et des bioagresseurs est donc importante pour mettre en évidence de nouvelles stratégies innovantes de protection des plantes. A ce jour, les dialogues moléculaires entre les différents protagonistes de ces interactions tripartites (plantes-microorganismes – bioagresseurs) restent encore à étudier. Nous avons mis en évidence une nouvelle voie de communication impliquant les microARNs. Le premier objectif de ce projet est de déterminer si cette voie est mobilisée par les plantes pour recruter un cortège microbien spécifique au sein de leur rhizosphère afin de mieux résister à un bioagresseur. Le second objectif de ce projet est d'étudier les modifications post-transcriptionnelles susceptibles de jouer un rôle dans la sensibilité ou la résistance des plantes à un bioagresseur, en exploitant de manière innovante des données issues de Riboseq.

Une expérimentation a été réalisée au laboratoire avec le modèle Brassica napus(Colza) et Plasmodiophora brassicae, agent pathogène (protiste) responsable de la hernie des crucifères. Deux génotypes de plantes, un sensible et un partiellement résistant au bioagresseur, ont été étudiés. Dans le cadre du premier objectif, nous disposons de données de metabarcoding afin d’analyser la diversité des microorganismes de la rhizosphère dans les différentes conditions expérimentales. Du séquençage RNAseq a également été réalisé sur des bactéries purifiées de la rhizosphère afin d’analyser leurs contenus en microARNs et de mettre en évidence la présence de microARNs de plantes et/ou du pathogène internalisés dans ces cellules bactériennes. Les racines des plantes infectées par Plasmodiophora brassicae ont également été utilisées pour réaliser du RNAseq et du RIBOSeq, approche innovante permettant de cibler les ARNm traduits. L’exploitation de ces données permettra dans le cadre du second objectif de stage d’identifier les fonctions différentiellement exprimées et traduites entre les génotypes sensibles et résistants, permettant d’identifier des mécanismes de régulation post-transcriptionnels mobilisés au sein du pathosystème modèle étudié.