Etude des mécanismes de résistance des plantes aux agents pathogènes : régulation post-transcription
Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master UMR ECOBIO et UMR IGEPP · Rennes (France)
Date de prise de poste : 6 janvier 2025
Mots-Clés
Riboseq RNAseq metabarcoding small RNA
Description
Les plantes sont associées à une large diversité de microorganismes (bactéries et champignons) assemblés en microbiote. Ce microbiote, notamment celui sous l’influence des racines (rhizosphère), contribue fortement à la capacité d’adaptation et de résistance de la plante face aux stress biotiques (bioagresseurs). L’étude de la diversité du microbiote du sol et des interactions entre la plante, ses microorganismes associés et des bioagresseurs est donc importante pour mettre en évidence de nouvelles stratégies innovantes de protection des plantes. A ce jour, les dialogues moléculaires entre les différents protagonistes de ces interactions tripartites (plantes-microorganismes – bioagresseurs) restent encore à étudier. Nous avons mis en évidence une nouvelle voie de communication impliquant les microARNs. Le premier objectif de ce projet est de déterminer si cette voie est mobilisée par les plantes pour recruter un cortège microbien spécifique au sein de leur rhizosphère afin de mieux résister à un bioagresseur. Le second objectif de ce projet est d'étudier les modifications post-transcriptionnelles susceptibles de jouer un rôle dans la sensibilité ou la résistance des plantes à un bioagresseur, en exploitant de manière innovante des données issues de Riboseq.
Une expérimentation a été réalisée au laboratoire avec le modèle Brassica napus(Colza) et Plasmodiophora brassicae, agent pathogène (protiste) responsable de la hernie des crucifères. Deux génotypes de plantes, un sensible et un partiellement résistant au bioagresseur, ont été étudiés. Dans le cadre du premier objectif, nous disposons de données de metabarcoding afin d’analyser la diversité des microorganismes de la rhizosphère dans les différentes conditions expérimentales. Du séquençage RNAseq a également été réalisé sur des bactéries purifiées de la rhizosphère afin d’analyser leurs contenus en microARNs et de mettre en évidence la présence de microARNs de plantes et/ou du pathogène internalisés dans ces cellules bactériennes. Les racines des plantes infectées par Plasmodiophora brassicae ont également été utilisées pour réaliser du RNAseq et du RIBOSeq, approche innovante permettant de cibler les ARNm traduits. L’exploitation de ces données permettra dans le cadre du second objectif de stage d’identifier les fonctions différentiellement exprimées et traduites entre les génotypes sensibles et résistants, permettant d’identifier des mécanismes de régulation post-transcriptionnels mobilisés au sein du pathosystème modèle étudié.
Candidature
Procédure : Envoyer CV, lettre de motivation et relevé de notes du M1 par mail
Date limite : 10 novembre 2024
Contacts
cécile Monard, Stéphanie Daval, Abdelhak el Amrani
ceNOSPAMcile.monard@univ-rennes.fr
Offre publiée le 23 octobre 2024, affichage jusqu'au 10 novembre 2024