Mots-Clés

base de données métagénomique NGS étude d'impacts/performances

Description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux propose des solutions de diagnostic qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoignez bioMérieux, c'est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d'un suivi et d'une évaluation l'aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Au sein du département Data Science, vous contribuerez à l'amélioration d'un pipeline d'identification de séquences bactériennes et fongiques issues de données NGS. 

L'étape portera sur l'enrichissement d'une base de données de séquences associée à un pipeline d'analyse métagénomique avec des espèces dites « environnementales ». Le but est d'affiner la précision de l'identification des espèces dans un échantillon biologique. Finalement, une étude d'impact permettra d'évaluer les effets de ces modifications sur les performances du pipeline, garantissant ainsi une des résultats.

Dans le cadre de ce stage, vous serez amené à :

- Utiliser des bases de données et outils publics,

- Utiliser une grille de calcul, un gestionnaire de version de code et de nombreux autres outils dédiés au développement selon les bonnes pratiques mises en place dans l'équipe,

- Interagir avec les différents acteurs du projet qu'ils soient bioinformaticiens, informaticiens ou microbiologistes

Mots-clés : base de données, métagénomique, NGS, étude d'impacts/performances

Qui êtes-vous ?

- Vous êtes en formation de niveau BAC+3/+4 en bioinformatique (Ecole d'ingénieur ou Université),

- Vous faites preuve de rigueur et d'un sens de l'organisation,

- Vous avez déjà travaillé sous un environnement Unix,

- Vous êtes à l'aise avec la veille scientifique.

Cette étape est prévue pour une durée de 4 mois. Cette étape est basée à Marcy L'Etoile, site accessible depuis Lyon en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est obtenue dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l'étudiant et est supérieur au minimum légal.

 Les + :

• Restaurant d'entreprise avec participation de l'employeur.

• Remboursement de 100 % de l'abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.

• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

* F/H/D : Femme/Homme/Diversité :   bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d'emploi.