Mots-Clés

variantes (SNV, indels) métagénomique ciblée NGS pipeline performances

Description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux propose des solutions de diagnostic qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoignez bioMérieux, c'est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d'un suivi et d'une évaluation l'aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Au sein du département Data Science, vous contribuerez à l'amélioration d'un pipeline d'analyse en métagénomique ciblé. Le projet de recherche portera sur l'identification de variations génomiques spécifiques des espèces bactériennes et fongiques au sein des gènes/marqueurs ciblés. Le but est d'améliorer l'identification des espèces dans les échantillons et d'y associer un score de confiance.

- 1ère partie du stage : elle sera consacrée à l'identification et à l'extraction des variations (SNV, MNV, indels, etc.) dans les séquences de marqueur.

- 2ème partie du stage : elle sera orientée vers le développement d'une méthode prenant en compte ces variations pour améliorer le pipeline d'analyse initiale en terme d'identification des espèces et de score de confiance.

Dans le cadre de ce stage, vous serez amené à :

- Écrire du code (Bash, Python)

- Utiliser une grille de calcul, un gestionnaire de version de code et de nombreux autres outils dédiés au développement selon les bonnes pratiques mises en place dans l'équipe

- Participer à la définition d'une stratégie d'amélioration des performances d'un produit

Vous évoluez dans une équipe polyvalente et pluridisciplinaire entre bioinformatique, informatique et microbiologie au cours de votre stage.

Qui êtes-vous?

- Vous êtes actuellement en dernière année d'une formation BAC+5 type Master 2 en bioinformatique (Ecole d'ingénieur ou Université),

- Vous faites preuve de rigueur, d'autonomie et d'un sens de l'organisation,

- La maîtrise de l'environnement Unix est indispensable.

Cette étape est prévue pour une durée de 6 mois. Cette étape est basée à Marcy L'Etoile, site accessible en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est obtenue dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l'étudiant et est supérieur au minimum légal.

 Les + :

• Restaurant d'entreprise avec participation de l'employeur.

• Remboursement de 100 % de l'abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.

• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

* F/H/D : Femme/Homme/Diversité :   bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d'emploi.