Mots-Clés

Bioinformatique cancer tissu péritumoral séquençage survie

Description

Depuis une quinzaine d’années, la popularisation du séquençage d’ARN a permis de mieux caractériser les tumeurs. Ainsi, plusieurs jeux de données publiques existent de profil d’expression de tumeurs de patients associées aux données cliniques de survie. Il existe aussi des caractérisations des tissus péritumoraux, supposés servir de référence en tant que tissus « sains ». Il est maintenant démontré que ces tissus n’ont pas la même signature que les tissus sains, et même qu’ils peuvent être plus prédictifs de l’agressivité du cancer que les tissus cancéreux eux-mêmes (voir référence 1) !

Nous avons caractérisé en détail le cas du cancer du rein. Nous souhaitons étendre l’analyse à un autre cancer d’intérêt ; ce projet est l’objectif de ce stage.

Durée souhaitée : 4 mois ou plus

Le langage de programmation/analyse R sera privilégié. Un souhait de poursuite en thèse sera apprécié.