Mots-Clés

intelligence artificielle, biologie des systèmes

Description

Modèles d'IA générative pour construire automatiquement des modèles de réseaux mécanistiques pour la biosanté.

Les modèles en biologie des systèmes avec applications en biosanté peuvent être représentés sous forme de graphes d'interaction, de réseaux de réactions chimiques, d'équations différentielles ordinaires, de réseaux booléens ou de modèles hybrides. Dans ce projet, nous utiliserons des réseaux de réactions chimiques et des équations différentielles ordinaires. Bien que des bases de données comme Biomodels contiennent des milliers de modèles de réseaux de réactions chimiques, ils ne sont pas toujours adaptés au problème biologique étudié. Pour cette raison, nous avons besoin d'outils capables de générer automatiquement des réseaux de réactions chimiques (CRN) une fois le problème biologique défini. La définition du problème biologique peut être textuelle (en langage naturel) ou sous forme d'un ensemble de variables clés (par exemple des protéines, des voies métaboliques, etc.). Nous utiliserons alors des modèles d'IA générative pour générer automatiquement les réseaux de réactions chimiques nécessaires à l'étude computationnelle. Ces outils utilisent des grands modèles de langage (LLM) pour extraire des informations pertinentes à partir de la description textuelle du problème. Ces informations sont ensuite interprétées en termes biochimiques sous forme de CRN.

Ce travail est en collaboration avec King’s College Londres.