Mots-Clés

ingénieur de recherche développements informatiques génomique microbiologie

Description

Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et à l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et de l’analyse comparée de génomes procaryotes notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope). La plateforme MicroScope est utilisée par une large communauté de microbiologistes en France et à l’international (plus de 7 000 comptes utilisateurs) et contient près de 20 000 génomes dans son instance principale. Elle est membre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique, www.france-bioinformatique.fr) et est un partenaire du projet MUDIS4LS (ESR/EquipEx+, France 2030) qui vise à développer des espaces numériques mutualisés pour les sciences du vivant.

Face à une demande toujours accrue d'analyse de génomes, plusieurs challenges technologiques doivent être adressés pour annoter, comparer et gérer cette masse de données de façon efficace. Ces évolutions touchent les différents composants de MicroScope : (i) workflows d'analyse avec une parallélisation des tâches sur des milliers de cœurs (HTC) (ii) bases de données de plusieurs téraoctets et (iii) interfaces graphiques Web.

Mission

Pour relever ces nouveaux défis et maintenir la plateforme MicroScope à son plus haut niveau technologique, nous recherchons un ou une ingénieur-e de recherche qui pilotera  les développements informatiques en collaboration avec les responsables scientifiques de la plateforme.  Il-elle conduira, avec les ingénieurs de l’équipe (~5 personnes), l'analyse, le développement, l'intégration et le déploiement des solutions logicielles mises en œuvre en collaboration avec le laboratoire d’informatique scientifique du Genoscope. Ces activités s’inscriront dans le cadre du projet MUDIS4LS, pour lequel la plateforme a obtenu un financement afin de renouveler son infrastructure, mais également dans un contexte plus large visant à mutualiser au niveau national et européen des initiatives dans les domaines de la bioinformatique et de la génomique.

Activités

• Orienter et coordonner les activités de développement logiciel dans le cadre de la plateforme MicroScope
• Mettre en place des solutions innovantes (modèle de données, algorithmes) pour répondre aux challenges technologiques d'annotation et de comparaison de millions de génomes
• Participer au développement de nouvelles méthodes bioinformatiques avec les chercheurs de l'équipe
• Participer aux choix d'infrastructure informatique et à leur validation pour la mise en oeuvre des solutions

Profil

Ingénieur de recherche (niveau Master avec expérience ou Doctorat) en informatique ou en bioinformatique avec une forte composante développement et possédant des compétences dans les domaines suivants :

• Conception et le développement d'applications à architecture multi-tiers : base de données, système de production (workflow/HTC), interface utilisateur Web
• Management et gestion de projets logiciels
• Modélisation et programmation objet (python)
• Parallélisation de calculs sur systèmes HTC
• Systèmes d'exploitation Linux/Unix et langages de script

Des compétences additionnelles sont souhaitées dans :

• Le développement de méthodes bio-informatiques à grande échelle
• Déploiement d'applications suivant le modèle DevOps

Ce profil demande également des aptitudes dans l’animation d’une équipe et la planification/gestion de tâches. Une bonne capacité de communication orale et écrite (anglais et français) est indispensable. Des notions en génomique et microbiologie seraient un plus.

Contrat

• Ingénieur CDD-OD CEA de 36 mois avec objectif de pérennisation du poste durant le contrat
• Rémunération en fonction du diplôme et de l’expérience (grille CEA).
• Début dès que possible.