Mots-Clés

Bioinformatique bio-informatique

Description

Résumé du poste :

Au sein de l’équipe 13 du CRCT, spécialisée en immunologie du myélome multiple, vous participerez à des projets de recherche en bioinformatique, avec un focus sur l'analyse de données NGS. Vous serez amené.e à collaborer avec des chercheurs et techniciens pour traiter, analyser, et interpréter des données issues de diverses technologies de séquençage. Ce poste vous permettra de contribuer à la recherche de pointe dans le domaine de l'oncologie.

Missions principales :

• Traitement et analyse de données NGS pour des projets de recherche en scRNAseq, scATACseq, RNAseq, etc.

• Réalisation des étapes de démultiplexage, alignement, contrôle qualité et analyse de données, en lien direct avec les questions de recherche.

• Interprétation des résultats en concertation avec les chercheurs.

• Rédaction de la documentation pour les pipelines et analyses.

• Organisation et gestion informatique des échantillons biologiques en lien avec les besoins de biobanking.

• Conception d’expérimentations en coordination avec les équipes de recherche.

• Création, optimisation et automatisation de pipelines bioinformatiques pour améliorer les flux de travail et assurer la reproductibilité des analyses.

Profil recherché :

- Formation : Bac+5/Master en bioinformatique

- Compétences techniques :

- Maîtrise de langages de programmation (R, Bash, optionnellement Python).

- Connaissance en scRNAseq, scATACseq, RNAseq, ...

- Connaissance d’outils bioinformatiques tel que CellRangner, Bioconductor, dyplr, Seurat, ggplot2, ComplexHeatmap, ...

- Utilisation d’un cluster de calcul (Genotoul)
- Anglais écrit a minima

- Des connaissances en immunologie seraient un plus

- Connaissances en mathématiques et statistiques appréciées

- Compétences humaines : Rigueur, gestion de projets, autonomie, bonne communication, organisation et capacité à travailler en équipe.

Environnement de travail : Au sein d’une équipe multidisciplinaire et dynamique, impliquée dans des projets innovants en oncologie.

Rémunération : Selon l’expérience et la grille salariale de l’Inserm/CHU.