Mots-Clés

peptides dynamique moléculaire IA prédiction de structure

Description

La maladie de Lyme est transmise par une bactérie du genre Borrelia suite à la morsure d’une tique. Son diagnostic est actuellement basé sur le tableau clinique du patient associé au résultat d’un test sérologique qui mesure indirectement la présence d’anticorps secrétés. Néanmoins, ce test a des limites en termes de sensibilité et de fiabilité, induisant un nombre élevé de faux positifs/négatifs. Dans ce contexte, ce stage vise à concevoir in silico et à optimiser des ligands peptidiques capables de détecter directement la bactérie et exploitables pour le développement d’un test diagnostique direct. Ce travail s’insère dans un projet plus ample qui a déjà démarré. Deux stages précédents (Automne 2021) nous ont permis d’étudier in silico l’interaction naturelle et bien décrite entre une protéine du complément humaine (FHL-1) et une protéine de surface de la bactérie B. burgdorferi (CspZ) et de mettre au point un protocole de dynamique moléculaire à échantillonnage intensif pour la prédiction de la structure des peptides. Des peptides ciblant Cspz seront donc conçus à partir de ces informations. Les peptides retenus seront par la suite testés in vitro et utilisés pour le développement d’un test diagnostique direct. De plus, au sein du stage, les jalons pour le développement d’un nouvel algorithme pour la conception de peptides ayant une structure secondaire précise seront posés.