Mots-Clés

bioinformatique minion biologie moleculaire

Description

chez l’Abeille (H/F)

Missions 

Ce recrutement s’inscrit dans le contexte du projet ANR SynapticBee, qui vise à caractériser de façon exhaustive les canaux et les récepteurs exprimés dans le système nerveux et musculaire d’abeille afin de comprendre les mécanismes d’action des insecticides neurotoxiques les plus utilisées. Le/la ingénieur(e) travaillera dans le domaine de la biologie moléculaire et de la génomique fonctionnelle. Il sera en charge de la production et de l’analyse des données de transcriptomique à haut débit obtenues à partir de cerveau et de muscles d’abeille.

Activités

• Mise en place des techniques d’extraction des ANR à partir de différents tissus de l’abeille

•  Séquençage des ANR purifiés en utilisant le système minION développé par Nanopore®

• Développement de pipelines bioinformatiques pour l’analyse de données RNAseq.

• Analyse différentielle de l’expression.

• Participation à des réunions scientifiques ainsi qu’aux activités internes de l’équipe et du laboratoire.

Compétences

Bio-informatiques : Programmer en ligne de commande et la capacité de développer des pipelines bio-informatiques robustes, automatisés et reproductibles pour les analyses RNA-seq est indispensable.

Statistique et modélisation : Le projet nécessite une maîtrise des outils statistiques nécessaires à l’analyse différentielle d’expression, tels que les packages Scanpy ou DGEPy.

Biologie moléculaire : Le projet requiert également la maitrise des concepts et de compétences en biologie moléculaire. Une réelle expérience dans la réalisation d’expériences de biologie moléculaire est recommandée (PCRq, RT-qPCR, extraction d’ADN, extraction d’ARN), et une expérience de séquençage avec le système minION serait un atout indéniable pour le poste.

Organisation et synthèse : Le projet est potentiellement vaste et nécessitera de grandes capacités de synthèse et une grande autonomie, tant dans la réflexion que dans la mise en œuvre des analyses. Une connaissance approfondie de la Structure-Fonction des canaux ioniques et des récepteurs ionotropiques est recommandée.

Contexte de travail

Le contrat se déroulera à l’Institut des Biomolécules Max Mousseron (IBMM) qui est localisé dans le Pôle Balard à Montpellier (Campus CNRS, Université Montpellier). L’équipe d’accueil est l’équipe « Pharmacochimie, transmission synaptique & neuroprotection » codirigé par Pierre Charnet et Michel Vignes.