Mots-Clés

Analyse génomique, contrôle qualité, développement logiciel, Python, Rust, Slurm, GitLab

Description

Dominante: Analyse génomique, contrôle qualité, développement logiciel

Descriptif: Les plateformes de séquençage de l'IBFJ *(1) génèrent de grandes quantités de données via plusieurs technologies courtes (Illumina, MGI) et longues (Nanopore, Pacbio) lectures. Ces données sont transférées, traitées et analysées par une série de workflows automatiques mis au point et maintenus par l'équipe. C'est dans ce contexte de production HPC*(2) que la.le stagiaire sera chargé.e de retravailler le logiciel d’analyse de la qualité des lots de séquences avec un objectif double, consécutif à la rapide évolution des technologies et des grands projets de séquençage de ces dernières années: en améliorer les performances et actualiser ses spécifications.

*(1) Institut de Biologie François Jacob, DRF, CEA
*(2) High Performance Computing

Techniques à mettre en oeuvre: Python, Rust, Slurm, GitLab