Mots-Clés

editing vieillissement WGS RNA-seq

Description

Contexte du projet

Le recrutement du candidat s'inscrit dans le cadre du projet AGENOMICS, lauréat de l'appel à projet des mutuelles AXA sur leur axe "Grand Âge".

Ce projet a pour but l'exploration des génomes d'une cohorte exceptionnelle de 1000 centenaires (Cohorte CHRONOS du CEPH) afin d'y comprendre les mécanismes moléculaires du vieillissement "en santé" de nos aînés.

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Le post-doctorant sera impliqué dans une étude préliminaire (projet RNAEDIT) qui a pour but d'explorer des données de WGS et RNA-seq afin de détecter des bases éditées sur l'ARN. Ce mécanisme d'édition médié par les protéines de type APOBEC et ADAR permet d'apporter encore plus de diversité génétique aux transcrits – que les classiquement étudiés variants.

Cette étude préliminaire se fera sur des échantillons de sang et de cerveau d'individus centenaires non déments que l'on comparera à des individus non centenaires Alzheimer.

Vos missions

Votre mission sera de mettre en place le pipeline informatique d'étude de l'édition reposant sur ce qui est fait dans la littérature afin de détecter des sites édités sur l'ARN fiables et d'éviter les faux-positifs.

Il y aura donc plusieurs phases de travail : bibliographie, développement et test du pipeline, traitement des données, analyse et critique des résultats et rédaction d'un article.

Formation

Nous n'étudierons que les dossiers de candidat ayant un Bac+8 (thèse) et ayant une formation compatible avec le poste (~bio-informatique)

Quelques prérequis de base sont demandés :

● bash, Python, R

● être à l'aise avec un cluster de calcul

● fort intérêt pour la génétique

● niveau d’anglais suffisant pour la rédaction d’article

Dans l’idéal, le candidat aura déjà travaillé avec des données WGS et RNA-seq.

Profil du candidat

Vous êtes motivé(e) pour être l'un des acteurs d'un projet original sur un sujet de santé publique.

Votre formation en bio-informatique vous permet d'appréhender aussi bien les aspects biologiques qu'informatiques. Vous êtes donc capable de critiquer vos résultats, que cela concerne la pertinence d'un variant observé ou concernant l'optimisation d'un outil utilisé.

Votre curiosité vous permet d'appréhender les choses au-delà des questions initiales et votre autonomie vous donne une certaine aisance pour progresser et tester des choses.

Vous êtes enfin capable de présenter vos travaux en réunion, en conférence mais vous êtes également - et ce point est important - à l'aise avec la rédaction d'articles scientifiques afin de valoriser vos recherches.

Conditions de travail

Localisation du poste : Evry (rue Gaston Crémieux) au CNRGH

Type d’emploi : CDD de 18 mois (Post-doctorat)

Rémunération suivant formation et expérience

Poste télétravaillable dans la limite de 2 jours / semaine

Avantages propres à l’entreprise : titres restaurants, comité d’entreprise …

Le Laboratoire

Le Laboratoire de Bio-Analyse (LBA), dirigé par le Dr Eric Bonnet au Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), mène des projets de recherche en lien avec l’analyse de données génomiques / transcriptomiques humaines en collaboration avec les équipes de recherche du CNRGH ou avec nos collaborateurs externes. Le LBA travaille également sur des sujets propres mêlant nos diverses valences allant de l’analyse de variants à la conformation 3D du génome dans des contextes pathologiques variés.

Le CNRGH est un département localisé sur Evry dépendant de la Direction de la Recherche Fondamentale (DRF) du CEA.

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Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat. Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.

Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.

Les 20000 collaborateurs⸱trices du CEA partagent 3 valeurs fondamentales : la conscience des responsabilités, la coopération et la curiosité.