Mots-Clés

Bioinformatique données omiques Virologie Immunologie Bactériologie NGS FSEP

Description

3- COMPETENCES :

Connaissances

- Expertise principale en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe.
- Expérience exigée dans l’analyse de données de séquençage à haut débit.
- Expérience souhaitée dans l’analyse de données de transcriptomique ou multi-omics.
- Connaissances appréciées dans le domaine de la biostatistique.
- Connaissances appréciées dans le domaine de l’immunologie et de l’infectiologie.

Savoir-faire

- Maîtrise de l’environnement Unix/Linux, et d’un ou plusieurs langages de programmation (R, Python...).
- Maîtrise d’outils classiques dans l’analyse de données omics (analyse qualité, nettoyage des données, alignement, quantification, visualisation).
- Maîtrise des outils de versionning (git).
- Connaissance d’un outil de gestion de workflow (nextflow).
- Connaissance dans l’utilisation d‘un cluster de calcul (slurm).
- Capacité à assurer la traçabilité des projets afin qu’ils puissent être suivis et/ou repris avec efficacité et sans perte d’information.
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques.
- Aisance dans l’expression orale et écrite.
- Maîtrise de l’anglais technique du domaine, capacité à participer à des réunions et rédiger des documents techniques dans cette langue.

Savoirs-être

- Bonnes capacités relationnelles, d'écoute, de communication et de pédagogie.
- Aptitude pour le travail en équipe dans un environnement multidisciplinaire, en interaction avec des biologistes et des bio-informaticiens
- Sens de l’organisation permettant la gestion de projets avec de grandes quantités de données.
- Sensibilité à la qualité et la lisibilité des résultats pour les non spécialistes de la bio-informatique.
- Autonomie, rigueur, curiosité.

4- CONTEXTE DE TRAVAIL :

Le CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, est une unité mixte de recherche multi-tutelles (INSERM, CNRS, Université Lyon 1, ENS de Lyon) qui comprend 26 équipes de recherche avec plus de 400 personnes réparties sur différents sites (Gerland Franklin, ENS de Lyon et Tour Cervi, Croix-Rousse, Laennec, Lyon-Sud, St Etienne) et dans trois spécialités : Virologie, Bactériologie, Immunologie. L'ensemble des équipes utilise des données issues de technologies à très haut débit et les besoins en bioinformatique et en analyse de  données sont de plus en plus grands et divers notamment avec les perspectives qu'offrent le développement actuel de l'Intelligence Artificielle.

L'ingénieur-e d’études intégrera le service de BioInformatique et BioStatistique (BIBS) établi depuis 2015 sur le  site de Gerland (Bâtiment Franklin) et actuellement composé de trois membres permanents : une Ingénieure de  Recherche en bioinformatique qui coordonne le service, un Ingénieur d'Études en Biostatistique et un Maître de Conférence Universitaire en Biologie. Il/Elle sera sous la responsabilité de la coordinatrice du service et  bénéficiera d’un environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l’expertise de l’équipe et d’un accès aux moyens de calculs nécessaires (cluster de calculs, machines virtuelles). En fonction des projets de  recherche, il/elle pourra se former en interne ou en externe sur de nouvelles techniques et thématiques d'analyses, tout en s’appuyant sur ses expériences précédentes.

Contrainte particulière de travail : Après 6 mois d'ancienneté sur le poste, une partie des activités pourra être réalisée en télétravail (jusqu’à 2 jours par semaine). Elle sera à définir avec le responsable de structure et sous réserve de respecter la réglementation en vigueur au CNRS.