Mots-Clés

spermatozoïdes bovin petits ARN non codants adaptation pipeline bio-informatique

Description

Titre

sncRNA du spermatozoïde bovin et prédiction de fertilité

Contexte

Eliance est la fédération des entreprises de conseil et service en élevage de ruminants. Née de la fusion entre Allice, la fédération nationale de sélection et de reproduction animale, et France Conseil Elevage, la fédération nationale des entreprises de conseil en élevage, Eliance entend unir ses forces et ses métiers pour permettre à ses entreprises d’avoir toujours une longueur d'avance sur le terrain et bâtir ensemble l’avenir durable d’un élevage responsable, compétitif et rémunérateur. Spécialisée dans la recherche et le développement en génomique animale, Eliance propose des solutions de sélection génétique de haute précision, visant à améliorer les performances et la qualité des reproducteurs bovins. À travers des collaborations avec des institutions scientifiques, tels que l’INRAE ou le CEA et l’utilisation de technologies de pointe, Eliance contribue aux recherches visant l'adaptation des systèmes d'élevage en accord avec les demandes sociétales dans un contexte de changement climatique.

Structure d’accueil

Ce stage s’effectuera dans l’unité BREED de l’INRAE de Jouy-en-Josas (78350, Île-de-France). Le ou la candidat(e) travaillera au sein de l’équipe Epsilon proposant un environnement riche en experts en épigénétique, composé de chercheurs, d’ingénieurs et techniciens. Il ou elle sera co-encadré(e) par un ingénieur d’Eliance et un chercheur d’INRAE, garantissant un accompagnement technique et scientifique de qualité tout au long du projet. Ce s’inscrit dans le cadre du Laboratoire Partenarial Associé (LPA) Epsilon, une collaboration entre INRAE et Eliance. Le LPA Epsilon se consacre à l’étude des mécanismes épigénétiques dans la prédiction des phénotypes bovins, avec un accent particulier sur la fertilité et la qualité du sperme chez les taureaux. Le stage repose sur l’exploitation d’un large jeu de données générées dans le cadre de cette collaboration

Objectifs / Travail attendu

La fertilité des taureaux reproducteurs est un facteur clé dans les programmes de sélection des bovins. Une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires et épigénétiques qui sous-tendent la fertilité pourrait améliorer considérablement les stratégies de sélection. Ainsi, ce stage propose de s’intéresser à l’analyse des petits ARN non codants (sncRNAs) présents dans les spermatozoïdes, en particulier leur rôle potentiel dans la régulation épigénétique de la fertilité du taureau (de la spermatogénèse au développement précoce de l’embryon).

Vous serez amené(e) à travailler sur un jeu de données unique obtenu par séquençage des sncRNAs sur plus de 300 éjaculats, pour lesquels sont disponibles des informations détaillées de fertilité ainsi que des analyses fonctionnelles (motilité, progressivité, etc…).

L’objectif de ce stage sera double :

• Définir et optimiser une stratégie d’analyse des séquences obtenues à travers l’enrichissement du pipeline « de référence »
• Identifier des sncRNAs biomarqueurs du statut de fertilité des taureaux dans le but de mieux comprendre le lien pouvant exister entre sncRNAs et fertilité mâle.

Les missions du stage incluront donc :

• Analyse bio-informatique des données de sncRNA-seq pour définir les modalités d’analyses optimales pour identifier des signatures moléculaires associées à la fertilité
• Exploration de toutes les familles de sncRNA (miRNA, piRNA, etc...).
• Interprétation biologique des résultats pour identification des biomarqueurs de fertilité
• Contribuer à la vie de l’équipe et du laboratoire

Ce stage représente une opportunité unique pour les étudiants de Master désireux de se spécialiser dans la génomique, l’épigénétique et la biologie de la reproduction, dans un cadre à la pointe de la recherche appliquée à l’élevage bovin.

Compétences

• Formation en bio-informatique, biostastistique
• Connaissance des technologies de séquençage et des outils d’analyse bio-informatique
• Connaissances théoriques et appliquées en production animale
• Maitrise de R ou Python
• Notions en épigénétique et en biologie de la reproduction seraient un plus.
• Esprit analytique, autonomie et rigueur scientifique.
• Affinité avec le travail en équipe
• Anglais lu, parlé et écrit.

Contact

Envoyez votre CV et lettre de motivation à : chrystelle.ledanvic@eliance.fr