Mots-Clés

Génomique, SNP, HIV, facteur de l'hote, séquençage, exome, variants rares

Description

Sujet en Francais

Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) reste un problème de santé publique majeur à l’échelle mondiale, ayant coûté la vie à plus de 42,3 millions de personnes jusqu’en 2023. En 2023, 630 000 personnes sont mortes de causes liées à l’infection par le VIH dans le monde. Les thérapies antirétrovirales actives sont efficaces et ont sauvé de nombreuses vies, mais elles présentent encore de multiples inconvénients (traitement permanent, des effets secondaires...). Développer des solutions thérapeutiques alternatives et simples reste une priorité de santé publique. Dans cette optique, une meilleure compréhension de l’étiologie moléculaire de la progression de la maladie est essentielle.

Depuis 2007, plus de 20 GWAS, réalisées sur différents phénotypes, ont été publiées, avec pour résultats principaux des associations au niveau de la région HLA. En 2011, la communauté de recherche sur le VIH/SIDA incluant notre équipe a mené un effort massif pour rassembler des données génomiques. Ce consortium international a rassemblé environ 6 300 personnes infectées par le VIH et 7 200 contrôles non infectés par le VIH. Les principaux résultats sont la confirmation des rôles complémentaires des variants du locus CCR5 et HLA-A et HLA-B. Ces analyses ont aussi montré que ces régions expliquent environ 25 % de la variabilité de la charge virale. Ces résultats suggèrent que les futures études génétiques devraient cibler d'autres classes de variants génétiques (par exemple, fréquences faibles ou rares), des populations non européennes et des phénotypes homogènes bien définis.

Dans ce contexte, nous réalisons une étude de séquençage de l’exome sur des patients à profil de progression extrême vers le SIDA (non progresseur et progresseur rapide), afin d’étudier la contribution des variants rares à ces phénotypes de progression extrêmes.

Etapes :

- Contrôle qualité des données de séquençage d’exome

- Alignement des données sur le génome de référence

- Sélection de groupes de variant rare pertinents (fonction, voie biologique…)

- Analyse statistique

Sujet en Anglais

The Human Immunodeficiency Virus (HIV) remains a major global public health issue, having claimed the lives of more than 42.3 million people by 2023. In 2023 alone, 630,000 people worldwide died from causes related to HIV infection. While active antiretroviral therapies are effective and have saved numerous lives, they still have several drawbacks (lifelong treatment, side effects, etc.). Developing alternative and simplified therapeutic solutions remains a public health priority. In this context, a better understanding of the molecular etiology of disease progression is essential.

Since 2007, more than 20 GWAS (Genome-Wide Association Studies) focusing on different phenotypes have been published, with key findings highlighting associations in the HLA region. In 2011, the HIV/AIDS research community, including our team, undertook a massive effort to consolidate genomic data. This international consortium collected data from approximately 6,300 HIV-infected individuals and 7,200 non-infected controls. The main findings confirmed the complementary roles of variants in the CCR5 locus as well as HLA-A and HLA-B. These analyses also demonstrated that these regions account for about 25% of the variability in viral load. These findings suggest that future genetic studies should target other classes of genetic variants (e.g., low-frequency or rare variants), non-European populations, and well-defined homogeneous phenotypes.

In this context, we are conducting an exome sequencing study on patients with extreme progression profiles toward AIDS (non-progressors and rapid progressors) to investigate the contribution of rare variants to these extreme progression phenotypes.

Steps:

- Quality control of exome sequencing data

- Alignment of data to the reference genome

- Selection of relevant rare variant groups (function, biological pathway, etc.)

- Statistical analysis