Mots-Clés

curateur de données, génomique bactérienne, taxonomie de souches, dissémination internationale, santé publique, antibiorésistance

Description

L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur.

Dans le cadre de la surveillance épidémiologique des bactéries pathogènes et de l'harmonisation des taxonomies génomiques des souches bactériennes, nous recherchons un data manager, dont le rôle sera de contribuer à la curation des données intégrées à la plateforme de librairies génomiques BIGSdb-Pasteur, et d'aider à les analyser et à valoriser.

Missions :
Sous la supervision du coordinateur du projet BIGSdb-Pasteur (Pr Sylvain Brisse) et du coordinateur des curateurs (Martin Rethoret-Pasty) et en interaction avec la plateforme de Data Management (Anne-Caroline Deletoille), le Data Manager sera responsable des tâches suivantes :
- Curation des données : interaction par e-mail (en anglais) avec les fournisseurs de données, contrôles de qualité, intégration des données.
- Échange de données avec d'autres plateformes d'épidémiologie génomique telles que pathogenwatch et PubMLST (Oxford).
- Mise à jour et harmonisation des données des champs qui le nécessitent ;
- tests de nouvelles fonctionnalités de la plateforme BIGSdb ;
- Participation à la mise à jour des procédures de gestion des données et à l'élaboration de lignes directrices sur les meilleures pratiques.
- Contrôles la littérature scientifique pour les isolats importés dans la base de données.
- Contributions éventuelles à l'analyse et à la dissémination (publications, mailings) des taxonomies génomiques hébergées dans BIGSdb-Pasteur.

Contrat en CDD (12 mois)

Profil

Qualification minimale : Master, ingénieur ou expérience équivalente, avec des compétences en gestion de données et en bio-informatique
- Connaissance des langages de programmation (Python et bash) et des systèmes de base de données
- Compétences dans le traitement de grands jeux de données (scripting ou automatisation)

- Capacité à travailler en équipe et à communiquer sur l'avancement des tâches
- Capacité à communiquer, à échanger avec des collègues en microbiologie et en santé publique à l'international
- A l'aise dans un environnement international et multiculturel
- Idéalement, déjà familiarisé avec le vocabulaire de l'épidémiologie génomique
- Une expérience préalable n'est pas requise.

Vos conditions et environnement de travail :

- Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport
- Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias
- Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus
- Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus
- Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
- Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)