Mots-Clés

bioinformatique analyse cancer multiomique python R slurm snakemake conda singularity

Description

Résumé du poste

Le groupe de Bionformatique Clinique Exploratoire au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) de médecine de précision PRISM à Gustave Roussy souhaite recruter un(e) Bio Informaticien(ne), possédant une expérience des workflows d’analyse de données dans un environnement de recherche. L’IHU PRISM est un programme multidisciplinaire et transversal qui vise à mieux comprendre la biologie de chaque cancer afin de réduire la mortalité. Dans ce rôle clé, au sein d’une équipe dynamique, vous mettrez en œuvre vos compétences en bio-informatique, programmation et data science afin de produire des résultats à partir de vastes jeux de données multiomiques issus des programmes cliniques de l’Institut. Vous jouerez un rôle central pour répondre aux dernières questions de recherche translationnelle en cancérologie et encouragerez les collaborations avec les équipes de recherche pour développer des analyses avancées et des outils d’IA dédiés à la médecine translationnelle.

Résumé du projet

Dans ce poste, vous serez responsable de l’exécution et du développement des étapes de traitement de données au sein de notre plateforme intégrée d’analyse. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les équipes de découverte clinique pour intégrer de nouveaux échantillons dans la plateforme et fournir des résultats permettant de faire progresser la recherche clinique. Vous mettrez en œuvre des pipelines de traitement de données de pointe, conçus pour exploiter les dernières technologies de spatial-transcriptomique, single-cell, bulk RNA-seq, WGS, exome et d’imagerie. Vous serez chargé(e) de maintenir ces pipelines et de concevoir des approches innovantes pour la mise à disposition des résultats. Au sein de la communauté bio-informatique et data science très active à Gustave Roussy, vous jouerez un rôle actif, en travaillant étroitement avec cette communauté pour développer de nouveaux pipelines, contribuer à la gestion des métadonnées, interagir avec des systèmes HPC et de stockage de données de pointe et aider les équipes de recherche à exploiter ces données pour faire avancer leurs travaux. Vous utiliserez les technologies et méthodologies les plus récentes afin d’assurer la reproductibilité et la transparence du traitement des données sur l’ensemble de la plateforme.

Principales responsabilités

•    Traiter les données d’échantillons générées par les programmes cliniques de l’Institut.
•    Fournir des résultats et apporter une expertise en contrôle qualité (QC) et interprétation des résultats aux équipes cliniques.
•    Gérer un ensemble de pipelines de traitement de données multiomiques validés.
•    Développer des stratégies d’automatisation pour un traitement efficace des échantillons au sein de la plateforme d’analyse.
•    Contribuer au développement et à l’exécution d’un système de suivi du traitement et de l’analyse des données.
•    Concevoir et mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la restitution des résultats, afin d’aider les équipes cliniques dans leurs recherches.
•    Assurer la qualité des résultats sur l’ensemble de la plateforme.
•    Appliquer les dernières technologies et méthodologies pour garantir la pleine reproductibilité du traitement des données au sein de la plateforme d’analyse.
•    Valider et mettre en place de nouvelles étapes d’analyse et de traitement des données en collaboration avec l’équipe de développement de pipelines de la core facility bio-informatique et les groupes de recherche bio-informatique.
•    Collaborer étroitement avec l’équipe de gestion des données pour développer des stratégies de stockage et d’archivage des résultats.
•    Contribuer à la mise en place d’une infrastructure de gestion des métadonnées.
•    Assurer sa formation continue en restant informé(e) des évolutions dans les communautés bio-informatique et de recherche.
•    Participer aux réunions, ateliers et séminaires de Gustave Roussy.
•    Contribuer à des publications scientifiques si nécessaire.

Expérience et compétences clés

Le(La) candidat(e) devra incarner les valeurs suivantes : ouverture, dynamisme et esprit collégial, et présenter le profil suivant :

Qualifications, expériences et compétences essentielles :

•    Diplôme dans une discipline pertinente avec une forte composante analytique (bio-informatique, statistiques, biologie moléculaire, mathématiques, ou équivalent).
•    Excellentes compétences en programmation dans un langage adapté (p. ex. Python, Java, R).
•    Excellentes compétences sur Linux et HPC.
•    Expérience dans l’exécution et le développement de pipelines bio-informatiques avec un système de gestion de workflows (p. ex. Nextflow, Snakemake).
•    Bonne compréhension des logiciels de traitement de données de séquençage haut-débit et des outils de traitement bio-informatique.
•    Compréhension des données multi-omiques et des approches d’analyse associées.
•    Compréhension des logiciels de reporting (p. ex. quarto, markdown).
•    Connaissance des technologies assurant la reproductibilité du traitement des données (conteneurs, environnements, logiciels de gestion des changements).
•    Compréhension des processus et de la gestion du développement logiciel.
•    Capacité à organiser et prioriser la charge de travail.
•    Excellentes compétences en communication scientifique dans un environnement de recherche

Qualifications, expériences et compétences souhaitées :

•    Connaissance de la biologie du cancer.
•    Connaissance de l’application de techniques statistiques aux données biologiques.
•    Connaissance des protocoles de génération de données omiques.
•    Familiarité avec la visualisation des résultats d’analyse omiques.
•    Connaissance des bases de données relationnelles.