Mots-Clés

genomique data analyst

Description

Au sein de l’équipe bioinformatique du Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement (http://lipm-bioinfo.toulouse.inrae.fr/), composée de cinq ingénieurs et d’un apprenti, vous interviendrez à deux niveaux sur plusieurs projets pour lesquels nous développons des pipelines de diagnostics exploitant le séquençage « long reads ». Les protocoles sont aussi bien destinés au contrôle qualité de l'activité de recherche qu'aux acteurs proches des agriculteurs, puis, à terme, aux agriculteurs eux-mêmes.

D’une part, vous devrez construire des plans d’expériences afin d’améliorer au maximum la qualité des résultats. Cela nécessitera de comprendre les pipelines, de chercher à mettre en évidence leurs limites, de les améliorer, de les documenter afin de préparer leur mise en production et/ou leur publication. 

D’autre part, vous aurez une activité de « data analyst ». Vous contribuerez à collecter, curer des données de natures diverses (principalement génomiques et littérature) qui serviront à entraîner nos modèles prédictifs ou à construire et mettre à jour les bases de données de références utilisées pour le diagnostic. Vous analyserez les échantillons et diffuserez les résultats auprès de nos collaborateurs.

La formation recherchée est de niveau Licence/Master. Au vu de la variété des activités c’est une offre idéale pour débutant(e) … motivé(e) pour progresser ! Nous recherchons un(e) bioinformatien ou un(e) biologiste avec une très forte appétence pour l’informatique. Les outils principaux de bioinformatique pour la génomique seront utilisés, c’est une très bonne occasion de parfaire votre culture en bioinformatique. Les données manipulées (génomiques et littérature pour l’essentiel) concernent les plantes cultivées et leurs pathogènes et bioagresseurs (bactéries, champignons, virus, insectes, etc..). Sans pensez devenir expert il faut vraiment être intéressé par la biologie pour être pertinent(e). Il faudra être curieux ou curieuse, organisé(e), et capable de formaliser vos connaissances et vos travaux.

Les compétences recherchées sont

- Connaissances en bioinformatique des séquences (MSA, mapping, assemblage, etc.)
- Connaissances en programmation python
- Connaissance pratique de Linux
- Intérêt pour la biologie, des plantes cultivées et de leurs pathogènes (bactéries, champignons, etc.)
- Motivation, rigueur et fiabilité seront indispensables