Mots-Clés

Transcriptomique, génomique, Chikungunya, séquençage, virus

Description

Proposition de stage de Master 2 :

Exploitation des données transcriptomiques et génomiques de l’infection Chikungunya

Description :

L’équipe de bioinformatique du Laboratoire GBCM du CNAM, spécialisée dans l’étude des maladies humaines par la bioinformatique, a pour but une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires des maladies et par conséquent, le développement rationnel de nouvelles approches diagnostiques ou thérapeutiques. Elle dispose des données génomiques et transcriptomiques de patients infectés par Chikungunya lors de la pandémie de 2006, et souhaitent comparer ceux qui ont des manifestations cliniques chroniques post-infection (n=120) avec ceux qui n’ont pas de symptômes au long cours (n=120).

Lors de ce stage, nous proposons d’étudier les transcriptomes issus des PBMCs (cellules du sang périphérique) de ces sujets et les génomes de ces patients. L’étudiant devra se familiariser avec les techniques de comparaison de transcriptomes, et mettre en œuvre les méthodes pour analyser les transcriptomes en fonction des sous-types des phénotypes (symptômes) de ces sujets.

Le Laboratoire GBCM a déjà débuté l’exploitation des données de transcriptomes et a trouvé plusieurs signaux très intéressants au niveau des PBMCs. En complément à ces résultats, il apparaît très intéressant de réaliser des analyses plus fines et de faire les analyses comparatives en fonction des phénotypes présents dans les PBMCs.

Au cours de son stage, le stagiaire aura pour premier objectif de bien comprendre le jeu de données (transcriptome, génome) et s’approprier les résultats déjà obtenus. Dans un deuxième temps, il exploitera les transcriptomes associés à d’autres symptômes présentés par les sujets. Si le temps le permet, il pourra ensuite exploiter les données génomiques en appliquant de la même manière les approches conventionnelles pour traiter ces données.

En pratique, il devra donc implémenter un pipeline de traitement des données omiques des patients infectés par le Chikungunya et de leurs contrôles : nettoyage des données, tests sur différents groupes, recherche de corrélations et identification des gènes et variants impliqués dans la chronicité des symptômes post-infection.

A l’issue du stage, une thèse pourra être envisagée avec la poursuite du projet sur une base élargie à d’autres études omiques en cours dans les équipes.

Compétences à acquérir lors du stage :

Maitrise des techniques d’analyse intégrative à partir de l’ensemble des outils et données à disposition : acquisition d’un point de vue global

Capacité à rapidement créer des pipelines réutilisables et adaptés aux environnements de production.

Outils bioinformatiques pour l’analyse et la comparaison des génomes et des transcriptomes.

Profil du stagiaire :

Un bioinformaticien qui connaît bien la biologie;

Un biologiste qui connaît la génétique et qui aime traiter les données sur ordinateur (capacité de scripts simples).

Contact :

Raissa Medina-Santos : raissa.medina-santos@lecnam.net

Adresse du stage :

Laboratoire GBCM, Conservatoire National des Arts et Métiers, 2 rue Conté, 75003 Paris