CONTEXTE - L'UMR INSERM 1242 (U1242) est hébergée au Centre de Lutte Contre le Cancer Eugène Marquis depuis sa création en 2017 et développe des programmes de recherche en cancérologie des tumeurs solides à forte valence translationnelle. Les chercheurs des trois équipes labellisées par l’INSERM qui constituent actuellement l'unité mettent en œuvre de nombreuses approches « omiques » nécessitant l’existence d’une infrastructure d’analyse et d’intégration de données pour répondre à leurs problématiques. Dans ce contexte, une équipe émergente de recherche en bio-informatique (@OMICs) a été créée en 2024. Cette équipe comprend actuellement deux chercheurs encadrant des étudiants en master 2 et en thèse. Nous visons maintenant à consolider cette équipe émergente avec une un poste de MCU en bio-informatique, avec à terme pour objectif la création d’une équipe labellisée par l’INSERM au prochain mandat. Cette stratégie nous a déjà permis d’obtenir en 2021 un «Projet de Recherche International (IRP)» INSERM avec un laboratoire institutionnel Grec (BRFAA) pour développer de nouvelles méthodologies d’intégration de données hétérogènes. Dans ce cadre, le premier doctorant en bio-informatique de l’unité a été recruté en 2022 et travaille en collaboration avec nos deux laboratoires institutionnels (double diplôme).  

PROJET – Le recrutement d’un·e MCU constitue un élément essentiel de la structuration de l’activité de bio-informatique en cancérologie sur le site rennais. Au sein de l'unité U1242, la personne nouvellement nommée intègrera l’équipe bio-informatique émergente @OMICs. Cette équipe, dirigée par le Dr Marc Aubry, propose des méthodes innovantes de Machine Learning et d’intégration de données multi-échelle pour répondre à des questions biologiques en cancérologie. Sur le campus Santé, elle pourra s’appuyer sur le groupe de biologie in silico (BIS) de l’IGDR qui est un réseau actif de chercheurs en bio-informatique faisant le lien entre plusieurs unités de recherche en biologie (IGDR, OSS, MOBIDIC, IRSET). Ce groupe de travail rassemble des expertises allant de l’intégration de données hétérogènes à l’analyse d’images ou la prédiction de structure par des méthodes d’intelligence artificielle. Enfin, sur le site rennais, elle pourra bénéficier des collaborations actives en cours avec les équipes de méthodologistes de l’IRISA (INRIA). 

Le profil du/de la candidat·e devra être compatible avec la prise en charge le déploiement de méthodes de « machine learning » et de modélisation multi-échelle pour l’exploitation des données complexes issues des thématiques de recherche de l'unité. À son arrivée la personne recrutée disposera d'un accès privilégié aux données générées par le groupe de recherche cancer du sein pour l’aider à implémenter un programme de recherche autonome et original au sein de l'unité. Au cours des dernières années, le groupe de recherche cancer du sein a généré une importante quantité de données transcriptomiques, cytométriques et protéomiques spatiales issues d'échantillons de patientes prises en charge au CLCC Eugène Marquis. Ces données moléculaires sont accompagnées de données clinico-biologiques longitudinales. Dans ce contexte, la personne nouvellement recrutée apportera son expertise des approches intégratives permettant d'agréger des informations hétérogènes pour identifier des marques pronostiques et prédictives du traitement et de la rechute. Ces recherches méthodologiques pourront servir de base au développement de nouveaux outils qui seront mis à la disposition de la communauté scientifique.  

Laboratoire de recherche : INSERM U1242 OSS « Oncogenèse, Stress, Signalisation » 

Nom responsable équipe de recherche : Marc Aubry 

Email responsable équipe de recherche : marc.aubry@univ-rennes.fr 

Site internet de l’équipe de recherche : https://oss-clcc.univ-rennes.fr/omics-analysis-tumor-omics 

Compétences souhaitées :  

Bio-informatique, bio-statistique, Machine Learning, intégration de données hétérogènes. Des connaissances en cancérologie représenteront une plus-value. 

La personne retenue devra également être en capacité de répondre aux grands appels à projets de recherche nationaux et européens. 

Moyens à disposition : 

Moyens matériels :  

La personne nouvellement nommée pourra formuler une demande d’Aide à l’Installation Scientifique (AIS), auprès de Rennes Métropole (UNIQUEMENT SITE RENNES METROPOLE) et sera accompagnée pour déposer des demandes de financement en tant que porteur·e de projet.

Moyens humains :  

La personne nouvellement nommée bénéficiera d’une décharge de service d’enseignement de 48hr équivalent TD lors de son année de stage, ainsi que d’une formation en vue d’optimiser sa prise de fonctions. Qui plus est, la personne nouvellement aura l’opportunité d’encadrer des étudiants en M2, et dans un premier temps de co-superviser un doctorant avec un chercheur plus expérimenté. 

Le poste sur lequel vous candidatez est susceptible d’être situé dans une Zone à Régime Restrictif (ZRR) au sens de l’article R413-5-1 du code pénal. Si tel est le cas, votre nomination et/ou votre affectation ne pourront intervenir qu’après autorisation d’accès délivrée par le chef d’établissement, conformément aux dispositions de l’article 20-4 du décret 84-431 du 6 juin 1984.