Mots-Clés

bioinformatique NGS plateforme

Description

La plateforme de bioinformatique et biostatistique Bilille est l’une des 8 plateformes de l’unité PLBS (Plateformes Lilloises en Biologie et Santé) au service d’unités de recherche académiques en sciences de la vie et de la santé. La plateforme Bilille compte actuellement 8 ingénieur.e.s temps plein aux profils complémentaires (bioinformaticiens, biostatisticiens, bioanalystes) et est présente sur 3 campus : Cité Scientifique, Campus Santé et Pasteur Lille. Les domaines d’activité de Bilille portent notamment sur l'analyse de données -omiques, la biologie intégrative, la phylogénie, la biologie des systèmes, l’imagerie, et la bioinformatique structurale.

Suite à une mise en disponibilité de 5 ans d’un ingénieur de recherche titulaire de la plateforme, Bilille recrute un IR (H/F) en bioinformatique possédant une expérience significative dans la conduite et l’encadrement de projets traitant de données NGS. Le contrat, en CDD, sera établi pour une durée de 3 ans.

Activités principales :

- Assurer la conduite ou l’encadrement de projets d’analyse de données biologiques (génomique, transcriptomique, protéomique, ...)
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales
- Participer au montage de projets collaboratifs
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Activités associées :

- S’investir dans le travail collectif de la plateforme (formation, animation)
- Contribuer à l’activité de développement de ressources originales (packages, logiciels, workflows) au service de la communauté de recherche en biologie et santé, à l’échelle locale, nationale et internationale
- Assurer le support aux utilisateurs pour l’utilisation des ressources HPC (cloud, cluster...).

Compétences attendues et savoirs-faire opérationnels :

- Connaissances avancées des approches de bioinformatique pour l’analyse de données
- Maîtrise de la programmation dans un environnement Linux (Python, R, bash)
- Bonnes pratiques d’analyse et de reproductibilité (Nextflow, Snakemake, Conda, Docker, RMarkdown, ...)
- Notions avancées en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique)
- Interaction avec des profils variés (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens)
- Capacité d’encadrement et de gestion de projets
- Anglais technique (B2)

Spécificités et environnement du poste :

La personne recrutée sera amenée à travailler sur les 3 sites d’implantation de Bilille (accessibles facilement par les transports en commun). Réalisation d’un à deux jours de télétravail par semaine.

Formation requise : master/diplôme d’ingénieur en bioinformatique ou doctorat en biologie avec une forte composante en bioinformatique. Expérience professionnelle d'au moins 24 mois en l'absence de thèse.

Date limite de candidature : Les candidatures seront acceptées jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Prise de fonction dès que possible.