Mots-Clés

visualisation web phylogénétique graphes de connaissance Neo4j web sémantique ontologies data management

Description

Environnement de travail, missions et activités

L’unité de Ressources Génomique-Info, est une unité INRAE de service en bioinformatique dédiée à la génomique et à la génétique des plantes, recrute un-e ingénieur-e en développement web, en contrat CDD pour 12 mois, potentiellement renouvelable. La personne recrutée intégrera le service «données et fédérations », comprenant dix ingénieurs bio-informaticien et suivant des méthodologies agiles.

Missions

La personne recrutée développera un outil de visualisation de données issues de la biologie translationnelle, associant un arbre phylogénétique et des données omiques. L’outil permettra la visualisation des groupes d’orthologues, mais aussi des traits ou caractères d’intérêt, de la fonction, de la localisation cellulaire (en s’appuyant lorsque pertinent sur des ontologies du domaine). Des références bibliographiques associées aux gènes présents dans ces groupes d’orthologie ainsi que des liens vers des services externes sont également à prévoir (ie. vers SyntenyViewer).
Les données à visualiser seront à structurer dans un format pertinent permettant (i) leur exploitation par l’outil développé et (ii) leur interopérabilité avec des bases de données orientées graphes Neo4j et RDF. Une activité de manipulation et gestion des données est donc à prévoir.
Dans un second temps, la personne recrutée travaillera à la mise en place d’un outil de visualisation web pour faciliter l’interrogation et l’accès aux autres données intégrées dans les bases graphes de l’URGI par ses utilisateurs. Une action de veille technologique lui permettra d’identifier des outils pertinents à réutiliser. Elle les adaptera pour présenter des données de génomique comparative dans un panel d’espèces de plantes et/ou d’animaux répondant aux requêtes des utilisateurs.
Les développements s’intégreront au système d’information de l’URGI.
Ses activités seront principalement au service des projets BReIF et AgroDIV (https://www.agrobrc-rare.org/actualites/lancement-des-projets-agrodiv-et-breif-du-pepr-agroecologie-et-numerique).

Au choix du candidat, le lieu d’exercice pourra être le centre INRAE de Versailles ou celui de Toulouse (site de Castanet-Tolosan/Auzeville).

Compétences nécessaires
   • Maîtrise de Python et des technologies web (Javascript, HTML...).

   • Bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe.

   • Connaissances de bases en génomique, phylogénie et biologie végétale.

   • Modélisation de données, ontologies et web sémantique

Compétences optionnelles (Formation durant le contrat)
    • Outil de gestion de version (git)

   • Maîtrise de l’anglais technique du domaine.

   • Maîtrise de l’environnement Linux.

Formation
Licence, Master, École d’ingénieur en informatique ou bio-informatique