Mots-Clés

traitement de données NGS en WGS, maladies rares, génomique humaine

Description

L’entreprise

Le Collecteur Analyseur de Données (CAD) est un Groupement d’Intérêt Public (GIP) développé dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG). Créé le 30 novembre 2022, le GIP-CAD regroupe les représentant de l’Etat (MSP et MESR), les Laboratoires de Médecine Génomique SeqOIA et AURAGEN, Unicancer, la Conférence des directeurs généraux de CHU, le CEA, l’Inria, l’Inserm et France Universités.

Le GIP-CAD, créé en 2022, a pour but de :

• Proposer des services liés à l’activité de soin du PFMG :
  • aide à l'interprétation médicale des examens pangénomiques effectués par les Laboratoires de Médecine Génomique du PFMG,
  • aide à la ré-analyse des données dans le cadre de la poursuite de la démarche diagnostique,
  • archivage des données de séquençage ;
• Permettre la réutilisation des données de génomique pour la recherche, à commencer par celles produites dans le cadre du soin par les Laboratoires de Médecine Génomique du PFMG.

Le Plan France Médecine Génomique 2025, initié en 2016, développe les conditions nécessaires à l’accès à tous au diagnostic génétique en France.

Il vise 3 objectifs :

• Intégrer la médecine génomique dans le parcours de soins courant et la prise en charge des pathologies (patients atteints d’un cancer ou d’une maladie rare). Pour cela deux Laboratoires de Médecine Génomique (LMG) ont été mis en service en 2020, l’un à Paris (SeqOIA), l’autre à Lyon (AURAGEN). Depuis leur création ces deux LMG ont réalisé des analyses pour plusieurs dizaines de milliers de patients.
• Développer une filière nationale de médecine génomique au service des patients, capable d’être un levier d’innovation scientifique et technologique, de valorisation industrielle et de croissance économique.
• Placer la France dans le peloton de tête des grands pays engagés dans la médecine personnalisée, avec une capacité d’exportation du savoir-faire de notre filière médicale et industrielle en médecine génomique.

Caractéristiques du poste

Le candidat sera intégré à l'équipe recherche et innovation en génomique constitutionnelle coordonnée depuis Grenoble et viendra former un binôme avec le référent médical et scientifique de cette activité. Un lien étroit sera recherché avec la responsable de l’accompagnement des projets de recherche externes au CAD et les projets européens impliquant le CAD.

Employeur : GIP-CAD

Type de contrat : CDI

A pourvoir : immédiatement

Modalités de recrutement : Entretien

Encadrement : Non

Rattachement hiérarchique : le référent médical et scientifique génomique bio informatique constitutionnelle et le directeur général du CAD

Rémunération : attractive, selon expérience

Lieux de travail :  Paris - PariSanté Campus (2 - 10 rue Oradour sur Glane 75015 Paris) avec des déplacements hebdomadaires à Grenoble au CHUGA (Service de génétique, Génomique et Procréation Hopital Couple Enfants CHU Grenoble-Alpes Quai Yermoloff, 38700 La Tronche)n

Description du poste

• Développements bio-informatiques pour la génomique constitutionnelle
  • Rapport bibliographique sur les questions scientifiques abordées
  • Élaboration de designs expérimentaux pour des comparaisons de logiciels existants
  • Innovations au-delà des logiciels de la littérature pour adresser la question scientifique
  • Identification des jeux de données pertinents pour le développement
  • Rédaction et présentation de synthèses des résultats et procédures aux personnels du CAD
• Suivi des projets recherche & innovation pour la génomique constitutionnelle
  • Animer et suivre la feuille de route des développements recherche & innovation pour la génomique constitutionnelle du CAD
  • Identifier les priorités stratégiques ou fonctionnelles
  • Mettre en œuvre la démarche qualité interne au CAD pour le transfert des développements vers la routine de l’infrastructure
• Travail en équipe
  • Participer à la vie d’une équipe multi-disciplinaire
  • Contribuer à l’amélioration continue des procédures via le prototypage, le paramétrage, l’évolution et la maintenance des pipelines
  • Être rigoureux, organisé, avec un bon esprit d’équipe et aimer la pluridisciplinarité

Diplôme, compétences et connaissances

Connaissances :

• Indispensables :

• Expérience d'au moins 5 ans en génomique humaine
• Maîtrise de langages de programmations courant en génomique (shell, python, R)
• Maîtrise en développement logiciel et dans l'utilisation d’un cluster de calcul
  • • Travail avec ordonnanceur de tâches (Slurm ou autres),
    • Containérisation (Docker, Singularity)
    • Gestionnaire de workflow (Nextflow, SnakeMake)
• Maîtriser l’outil de versionning Git
• Maitrise de l’anglais niveau B2 (écrit et oral)

• Souhaitées :

• Expérience dans la démarche de certification d’un développement informatique
• Connaissances sur les développements informatiques pour le soin
• Connaissances sur les contraintes règlementaires associées à la manipulation de données de santé

Compétences comportementales :

• Esprit d’équipe,
• Entraide,
• Collaboration,
• Capacité à expliquer et documenter son travail de manière claire et synthétique,
• Rigueur,
• Organisation,
• Méthode,
• Capacité d'adaptation,
• Capacité à proposer des solutions innovantes

Niveau de diplôme souhaité :

• Titulaire d’un diplôme en informatique/bio informatique, de niveau ingénieur ou d’une thèse.

Avantages :

• Prise en charge des abonnements de transport en commun à hauteur de 75% (en application de la législation en vigueur)
• Cadre de travail convivial et facile d’accès
• Restaurant d'entreprise et carte tickets restaurant
• Accord d’entreprise : forfait jours et 2 jours de télétravail hebdomadaire, indemnité télétravail

Le CAD promeut l’égalité des chances et la diversité et ce, dès le processus de recrutement. Nous ouvrons tous nos postes aux personnes en situation de handicap. Nous examinons toutes les candidatures sans discrimination liée au sexe, à l'origine, la religion, l'orientation sexuelle, l'identité de genre, l'âge ou le handicap.