Mots-Clés

Oncodermatologie, transcriptomique, analyse d'image

Description

Contexte :

Depuis début 2023, les patients atteints de mélanome de stade AJCC III opérable sont éligibles à un traitement péri-opératoire par 3 perfusions d'anti-PD1 avant chirurgie, suivi d'un traitement adjuvant par anti-PD1 (Patel N Engl J Med 388;9 nejm.org March 2, 2023). Le service d'Oncodermatologie de l'Hôpital Saint-Louis suit actuellement plus de 90 patients inclus dans la cohorte MelBase (NCT02828202) et traités selon ce protocole. Des données multi-omiques et d'imagerie pré- et post-immunothérapie, ainsi que des données cliniques et de suivi sont disponibles.

Le projet de recherche vise à approfondir la compréhension des mécanismes de réponse et de résistance à l'immunothérapie dans le mélanome, en intégrant des données moléculaires (RNA-seq), tissulaires (histologie), et cliniques. Il s'inscrit dans la continuité de l'étude MelBase et sera enrichi par :

• L'étude des propriétés biomécaniques des tissus tumoraux par élastographie IRM (Pr Sinkus).
• L'évaluation de l’hétérogénéité moléculaire et histologique.
• L'évaluation ex vivo de la sensibilité des tranches de tissus aux ICI (anti-PD1 seul ou en combinaison) (Pr Mourah).

Missions :

L'ingénieur(e) en bioinformatique jouera un rôle central dans l'analyse et l'interprétation des données générées par ce projet, et aura pour missions principales de :

• Analyse de données RNA-Seq pré- et post-traitement pour évaluer l’effet du traitement et l’hétérogéneité de son impact.
• Intégration de données multi-echelle allant de la génetic somatic (panel NGS) aux les données d'imagerie (IRM élastographie) et cliniques (réponse pathologique, survie sans rechute, toxicité, qualité de vie).
• Analyse statistique: Effectuer des analyses statistiques pour identifier les corrélations entre les différents types de données et évaluer leur valeur prédictive de la réponse au traitement et de la survie sans rechute.
• Collaboration avec les chercheurs cliniciens et les autres bioinformaticiens du projet pour concevoir les analyses et interpréter les résultats.
• Rédaction de rapports et publications: Contribuer à la rédaction de rapports d'étude et d'articles scientifiques.
• Gestion des données: Assurer la gestion et l'organisation des données bioinformatiques du projet.

Profil recherché :

• Formation: Diplôme d'ingénieur ou Master en bioinformatique, biologie computationnelle, ou domaine connexe.
• Expérience: Expérience dans l'analyse de données RNA-Seq, idéalement dans le domaine de l'oncologie ou de l'immunologie. Une expérience avec l'intégration de données multi-omiques est un plus.
• Compétences techniques: Maîtrise des outils et logiciels bioinformatiques courants (e.g., R, Python, Bioconductor, DESeq2). Connaissance des bases de données biologiques et des outils d'annotation fonctionnelle. Familiarité avec les plateformes de calcul haute performance.
• Qualités personnelles: Rigueur scientifique, capacité d'analyse et de résolution de problèmes, esprit d'équipe, autonomie, bonnes compétences en communication.