Mots-Clés

metagénomique whole genome

Description

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez affecté-e dans l’unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse.

L’unité MIAT développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l’environnement.

Vous rejoindrez l’équipe de la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’Institut Français de Bio-informatique) et exercerez votre activité dans une équipe d’une quinzaine de personnes (dont des bio-informaticien-ne-s, une biostatisticien-ne, des informaticien-ne-s et des administrateur-trice-s système). 

La plateforme GenoToul-Bioinfo dispose d’une infrastructure système composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs), de plusieurs baies de stockage (7,5 Péta-octets), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.

Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bio-informatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs).

La plateforme collabore dans le cadre de projets coordonnés par des biologistes sur les composantes bioinformatiques voir biostatistiques de leur projet. C’est dans ce cadre que votre CDD se positionne. Vous serez donc amené à analyser des données de metagénomique « genome entier » issues de milieux très complexes (sol et eaux usées) en utilisant le workflow metagWGS et à analyser les résultats (matrice d’abondance taxonomique et fonctionnelle, annotations fonctionnelles spécifiques aux projets ….) en collaboration avec les biologistes des projets.

Vous participerez donc à deux projets de métagénomique en collaboration avec les biologistes que la plateforme GenoToul-Bioinfo accompagne. Le projet INSPECT en partenariat avec Clarisse Mallet (Université Clermont Auvergne) est un projet d’analyse exploratoire recherchant les fonctions bactériennes impliquées dans la spéciation des radioéléments (tel que l'uranium) et les métaux dans des échantillons de sols contenant ces éléments. Les objectifs de ce projet sont d’étudier la composition de la communauté bactérienne et rechercher les fonctions identifiées comme pouvant transformer l'uranium et des métaux associés tel que la sulfato-reduction, les activités phosphatases ainsi que d'autres activités métaboliques dont l'abondance relative serait élevée. Le ou la recruté-e poursuivra le travail d’analyse déjà entamé sur ces données. Le second projet HOSP_ATB est un projet financé par l’ANSES coordonné par Delphine Bibbal (ENVT – Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse) dont l’objectif est d’étudier l'impact d’eaux usées hospitalières sur la dissémination de résistance aux antibiotiques dans les eaux usées. Une analyse de la diversité et des fonctions présentes (en particulier des gènes de résistance aux antibiotiques) sera donc à mettre en œuvre.