Mots-Clés

Diagnostic Génomique Cancer Maladies Rares Séquençage

Description

Fiche de poste d'Ingénieur.e en Bioinformatique et Bioanalyse
Groupement de Coopération Sanitaire SeqOIA

Le(La) candidat(e) sera employé.e par l’AP-HP, l’Institut Curie, ou Gustave Roussy pour être mis.e à disposition auprès du GCS SeqOIA.

Site web : https://laboratoire-seqoia.fr/

PRÉSENTATION DE LA STRUCTURE

Le laboratoire SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis) est un Groupement de Coopération Sanitaire (GCS SeqOIA), de droit privé associant l’AP-HP,  l’Institut Curie et l’Institut Gustave Roussy. Il est l’un des deux laboratoires de biologie médicale sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025. Le PFMG 2025 vise à la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de  séquençage très haut débit à visée sanitaire.

Le laboratoire SeqOIA répond à un triple enjeu :
    • De santé publique, en proposant, grâce à une modification du parcours et l’organisation des soins, un accès égal au séquençage qu’il s’agisse de besoins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques ;
    • Scientifique, technologique et clinique, en permettant une meilleure compréhension des pathologies dans les domaines du cancer, des maladies rares et des maladies communes, ainsi qu’en développant une expertise bio-informatique en sciences du calcul et des données ;
    • Economique en développant une nouvelle filière industrielle et en réduisant les coûts pour le système de soin.

Le Laboratoire SeqOIA comprends deux plateaux techniques situés à Paris, et localisés sur deux sites géographiques, non accessibles au public :
    • SeqOIA-GEN (site Broussais): réception et enregistrement des prélèvements, extraction, quantification des acides nucléiques, préparation des librairies, et séquençage;
    • SeqOIA-IT (site Picpus): développement, déploiement, maintenance des solutions logicielles (mySeqOIA: le SIL du laboratoire,  SPICE: le logiciel de prescription;  gLeaves: le logiciel d’analyse et d’interprétation de variants), traitement, stockage-archivage et structuration des données, sur les serveurs hébergés par l’AP-HP.

Les examens proposés par le laboratoire sont des examens de 
    • génétique constitutionnelle (maladies rares, oncogénétique): séquençage de génomes, dans une conformation trio dans plus de 80% des cas, et
    • génétique somatique (cancer): analyse tumorale, comprenant exome + génome + transcriptome tumoral et génome constitutionnel.

Les préindications sont au nombre de 60 en maladies rares, 2 en oncogénétique et 8 en cancer. La validation des examens biologiques est menée à distance par plus de 180 biologistes répartis dans la zone SeqOIA (régions Île-de-France, Bretagne, Pays de la Loire, Normandie, Hauts-de-France, et Centre-Val de Loire).

IDENTIFICATION DU POSTE

Fonction : Ingénieur en Bioinformatique et Bioanalyse, plateforme SeqOIA-IT
Grade : Cadre de laboratoire
Type de contrat : CDI
Établissement : GCS SeqOIA, Campus Picpus – 6ème étage, 33 bd Picpus, 75012 PARIS

    • Liaisons hiérarchiques :
L’administrateur du GCS (élu par l’assemblée générale du GCS)
Directeur opérationnel du GCS (élu par l’assemblée générale du GCS)
Directeur SeqOIA-IT (élu par l’assemblée générale du GCS)
Directeurs adjoints SeqOIA-IT
Responsable de l’équipe Bioanalyse
    • Liaisons fonctionnelles :
Les directions fonctionnelles des 3 membres du GCS pertinentes selon les sujets
Les laboratoires de génétique moléculaire du GCS SeqOIA

MISSIONS DU POSTE

L’Ingénieur(e) en Bioinformatique et Bioanalyse participe, en collaboration avec les ingénieurs informaticiens et autres bioinformaticiens de la plateforme SeqOIA-IT du GCS SeqOIA, au développement de modules bioinformatiques d’analyse et d’interprétation de données NGS (WGS, WES, RNA-seq) à visée diagnostique, s’intégrant dans le logiciel gLeaves. Il/elle remplit les missions suivantes :

    • Définir des besoins, en lien avec les utilisateurs (Laboratoire, Prescripteurs, CentreQEx) et les équipes internes (développeurs et ingénieurs-intégrateurs),
    • Sélectionner des méthodes existantes d’analyse de données NGS, fondées sur l’état de l’art ainsi que sur la conception et la réalisation de tests comparatifs,
    • Concevoir, développer et mener la validation technique de méthodes innovantes d’analyse et d’aide à l’interprétation des données NGS pour le diagnostic,
    • Assister les utilisateurs du GCS SeqOIA dans la compréhension des méthodes et des résultats d’analyse,
    • Suivre les nouveautés et les méthodes tendances en analyse NGS (veille scientifique)

COMPÉTENCES REQUISES

Formations et/ou qualifications : École d’ingénieur ou formation universitaire équivalente (Master) en biologie, bioinformatique.

Connaissances/ Compétences particulières requises :
    • Bonne connaissance en analyses de donnée de séquençage (WGS, Exome, RNA-seq) ; une connaissance en génétique constitutionnelle et somatique serait un plus.
    • Bonnes connaissances en programmation (Python, bash, R)
    • Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles

Qualités recherchées :
Écoute, communication, bienveillance, esprit d’équipe, curiosité, organisation, sens du détail
Motivation à travailler pour un projet de grande ampleur

PARTICULARITÉS DU POSTE

Télétravail partiel envisageable après période d’essai, et sous condition d’autonomie
Salaire en fonction de l’expérience

PROCÉDURE

Les dossiers de candidatures (CV, Lettre de motivation + 1 à 2 références) sont à envoyer par mail à Virginie SAILLOUR (virginie.saillour-ext@aphp.fr), Camille BARETTE (camille.barette@aphp.fr) et Anaïs L’HARIDON (anais.lharidon@aphp.fr) avant le 14 mars 2025.