Mots-Clés

Transplantation pulmonaire Immunologie bulk RNA-seq scRNA-seq

Description

Poste à pourvoir au sein de l’équipe de Marc Dalod « Cellules dendritiques et défense antivirale » au Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML), dans le cadre du projet de recherche collaborative ANR «REVOLUTION».

Descriptif du projet:

Dans l’objectif d’améliorer les résultats de la transplantation pulmonaire, le professeur Edouard Sage coordonne un consortium de laboratoires de recherche fondamentale et clinique travaillant de concert pour identifier des méthodes de préservation et réhabilitation de poumons issus de donneurs d’organes, afin d’en augmenter la proportion remplissant les critères d’éligibilité pour la greffe, et de diminuer les risques de rejet aigu. La stratégie inclut la mise au point d’une machine pour permettre le maintien des poumons en perfusion ex vivo sous conditions de ventilation la plus physiologique possible, en pression négative. L’un de nos objectifs principaux est de démontrer que cette nouvelle machine réduit l’inflammation et l’œdème des poumons en perfusion ex vivo.

L’une des approches méthodologiques majeure utilisée pour l’étudier sera l’analyse des réponses transcriptomiques des cellules du poumons au niveau du poumon entier ou de populations cellulaires d’intérêt (bulk RNA-seq) mais aussi de la cellule unique (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq), d’abord sur des poumons du modèle animal porcin puis sur des poumons humains non éligibles pour la greffe.

Le professeur Edouard Sage est chef du Service de Chirurgie Thoracique et Transplantation pulmonaire de l’Hôpital Foch (1) et il exerce son activité de recherche dans l’équipe V2I de l’UMR 0892 VIM «Virologie et Immunologie Moléculaires» (INRAE / UVSQ) (2) en collaboration étroite avec le Docteur Isabelle Schwartz-Cornil (DRE-INRAE).

Les analyses bio-informatiques des données de bulk RNA-seq et scRNA-seq seront copilotées par l’équipe de Marc Dalod au Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML) (3) et d’Isabelle Schwartz-Cornil, via le recrutement sur un contrat à durée déterminée de 2 ans d’un ingénieur d’étude qui sera localisé au CIML et travaillera à l’interface entre les 2 équipes.

Environnement :

Le poste se situe au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe pluridisciplinaire composée d’experts et expertes en bioinformatique et d’immunologistes. Vous travaillerez à l’interface entre l’équipe du Dr. Dalod et l’équipe du Dr. Schwartz-Cornil. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un Ingénieur de Recherche de l’INRAE (Luc Jouneau). Vous participerez régulièrement aux réunions d’équipe au CIML et aux réunions de projet réunissant les deux équipes. 

Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling) qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes) co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse de données de transcriptomique, et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré(e) par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.

Missions:

Vous aurez pour objectif l'analyse de données bulk RNA-seq et scRNA-seq d'échantillons issus de poumons porcins et humains dans différentes conditions de perfusion et ventilation ex vivo. Vous devrez prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter si nécessaire et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projet (4)(5). Vous devrez être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.

Compétences requises :

1. Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.

2. Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données génomiques (CellRanger, STAR) et single-cell (Seurat, Monocle, Velocyto).

3. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudotime, apprentissage statistique, etc.).

4. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.

5. Bonne communication écrite et orale. Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell.

Profil recherché :

1. BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées.

2. Expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données génomiques, transcriptomiques.

3. Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.

4. Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques. Autonomie dans la gestion des projets.

5. Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

6. Aptitude à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire; capacités d'écoute et de proposition.

7. Bases solides en biologie et idéalement en immunologie.

Dépot de candidature

Les candidatures devront être déposées sur le site d'emploi du CNRS:

https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR7280-MARDAL-002/Default.aspx

Références :

(1) https://www.hopital-foch.com/offre-de-soins/chirurgie-thoracique-et-transplantation-pulmonaire/

(2) https://vim.jouy.hub.inrae.fr/equipes-scientifiques/vaccins-immunopathologie-immunomodulation-v2i

(3) http://www.ciml.univ-mrs.fr/science/lab-marc-dalod/dendritic-cells-and-antiviral-defense

(4) Gouin C, Vu Manh TP, Jouneau L, Bevilacqua C, De Wolf J, Glorion M, Hannouche L, Urien C, Estephan J, Roux A, Magnan A, Le Guen M, Da Costa B, Chevalier C, Descamps D, Schwartz-Cornil I, Dalod M, Sage E. Cell type- and time-dependent biological responses in ex vivo perfused lung grafts. Front Immunol. 2023. doi: 10.3389/fimmu.2023.1142228.

(5) Vu Manh TP, Gouin C, De Wolf J, Jouneau L, Pascale F, Bevilacqua C, Ar Gouilh M, Da Costa B, Chevalier C, Glorion M, Hannouche L, Urien C, Estephan J, Magnan A, Le Guen M, Marquant Q, Descamps D, Dalod M, Schwartz-Cornil I, Sage E. SARS- CoV2 infection in whole lung primarily targets macrophages that display subset- specific responses. Cell Mol Life Sci. 2024. doi: 10.1007/s00018-024-05322-z.