Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

génomique, long reads Nanopore, ADN extrachromosomique, variations structurales

Description

Au cours de cette mission vous participerez à l’analyse bioinformatique de la dynamique du génome dans des plantes soumises à des stress environnementaux pour mieux comprendre l’adaptation des plantes au changement climatique.

Sous la responsabilité de Marie Mirouze, directrice de recherche à l’IRD, et en collaboration avec Marie-Christine Carpentier, IE CNRS, vos activités seront les suivantes :

• Vous serez en charge de la caractérisation de l’ADN extrachromosomique (ADNecc) à partir de données de séquençage Nanopore dans des plantes d’Arabidopsis soumises à des stress abiotiques, dans le cadre d’un projet ANR international "CropCircle".
• Vous serez en charge de la caractérisation des variants structuraux (SV) dans ces mêmes plantes à partir de données ProméthION Nanopore.
• Vous participerez à l’assemblage de génomes de riz et de hêtre à partir de données ProméthION Nanopore.
• Vous contribuerez à améliorer des outils et pipelines dédiés à l’analyse et à l’assemblage des ADNecc et des SV.