Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

data génétique cancer data génétique, cancer, réseau

Description

Contexte
Le CHU de Rouen, ancré au cœur du Campus Santé Rouen Normandie, forme un pilier central dans le domaine de la santé régionale. Cet établissement assure une mission de soins, de recherche, d’enseignement et de prévention. La génétique est l’une des disciplines phares du CHU. Le laboratoire de génétique moléculaire réalise environ 3500 analyses par an en s’appuyant principalement sur des techniques de séquençage à haut-débit (NGS). Il a pour objectif de mettre à la disposition des services cliniques les examens les plus innovants et participe activement à la recherche au sein de l’unité Inserm UMR1245.
Au niveau national, le laboratoire est impliqué dans le développement du projet FrOG (French OncoGenetics database) ayant permis la création d’une base de données du même nom. Ce projet créé sous l’égide du Groupe Génétique et Cancer, est porté par un trio de biologistes : Laurent Castera du Centre Baclesse, Sandrine Caputo de l’Institut Curie et Stéphanie Baert-Desurmont, biologiste en oncogénétique dans notre laboratoire. Le projet consiste à centraliser dans une base de données, les variants génétiques identifiés chez les patients vus en consultation d’oncogénétique en France.
Dans la base FrOG, les variants sont collectés, expertisés par les biologistes puis classés selon leur niveau de pathogénicité. Le partage de données sécurisé permet d’harmoniser et d’optimiser la prise en charge des patients et de leur famille, dans le respect de la protection des données personnelles.
Cet outil essentiel au diagnostic des prédispositions héréditaires au cancer est utilisé par les laboratoires d’oncogénétique de 25 établissements de santé publics et privés à but non lucratif. ( https://frog-db.fr/about-us). L’ouverture de la base de données à l’extérieur du GGC est désormais possible, en libérant des licences. Le poste proposé ici s’inscrit dans l’évolution du projet et devrait répondre aux nouveaux besoins.

Description du poste :
Le/la (Bio)-informaticien(ne) sera pleinement intégré(e) à l’équipe des bio-informaticiens du laboratoire de génétique du CHU de Rouen, en collaboration avec les bio-informaticiens de l’institut Curie, du centre François Baclesse ainsi qu’avec les biologistes du consortium FrOG.
A plein temps pour le projet FrOG avec des possibilités de télétravail partiel, il/elle :
• sera en charge du développement back-end des nouvelles fonctionnalités de la database, notamment un module de curation/suivi de variants et un système dynamique d’expertise
• participera à l’évolution du Système de Gestion de Bases de Données (SGBD) selon la volumétrie des données
• assurera le développement d’une API publique sécurisée
• gèrera la gestion système de l’infrastructure de la database FrOG, en lien avec Unicancer
• assurera la maintenance et l’évolution des applications existantes
• assurera la documentation du code

Profil recherché :
• Développeur web back-end
• Connaissance avancée des SGBD (PostgreSQL est un plus)
• Compétences en administration système
• Connaissance des langages de programmation, Typescript notamment, des framework type NodeJS et des interprétateurs de commandes (Bash/Shell). La connaissance du framework de développement angular serait appréciée.
• Maitrise des techniques de containerisation (docker)
• Expérience dans l’utilisation de gestionnaire de sources (GitLab), notamment l’intégration continue.
• Esprit de synthèse, capacité d’écoute et d’analyse, sens du service
• Capacité à travailler en équipe et bonnes capacités relationnelles