Mots-Clés
Transcriptomique
Single-Cell RNA-Seq
Immunologie
Lymphome Folliculaire
Description
Missions
Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique motivé(e) et créatif(ve) pour rejoindre l’équipe de Sandrine Roulland “Pathogénèse et Thérapie ciblée des néoplasies lymphoïdes” au Centre d’Immunologie de Marseille Luminy. Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires contribuant au développement des hémopathies lymphoïdes et l’identification de nouvelles vulnérabilités thérapeutiques dans ces cancers. Nos projets utilisent la génomique fonctionnelle pour étudier ces hémopathies en s’appuyant sur des échantillons primaires de patients issus de larges collections cliniques et l’utilisation de technologies d’analyse multimodale à l’échelle de la cellule unique (scRNA-seq, répertoire BCR/TCR, expression protéique et mutations géniques par génotypage du transcriptome).
Nous recherchons un collaborateur ou une collaboratrice ayant une expérience validée en bio- informatique et en analyse de données génomiques haut-débit. Le/La personne retenue travaillera dans une équipe de recherche pluridisciplinaire composée de biologistes, de cliniciens et de bioinformaticiens et sera hébergée au sein du CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling) du CIML afin de bénéficier d’un réseau de bio-informaticiens experts en analyse de données multimodales.
Activités principales
- Analyser les données single-cell multi-omiques (scRNA-seq, CITE-seq) et les répertoires immuns (BCR/TCR) issus des projets de l’équipe.
- Développer, améliorer et maintenir les pipelines bioinformatiques existants
- Implémenter de nouvelles méthodes d’analyse pour détecter les mutations géniques à partir du transcriptome (pipeline GoT, Genotyping of Transcriptome)
- Analyser les résultats des données transcriptomiques en regard des données cliniques des patients avec mise en œuvre de statistiques appropriées
- Collaborer et consulter les chercheurs de l’équipe et de la plateforme sur l’analyse et l’interprétation des résultats
Activités associées
- Rédaction de rapports scientifiques, communication des résultats en réunions d’équipes et aux collaborateurs et participation aux conférences/réunions avec les partenaires
- Veille de la littérature sur les analyses intégratives multi-omique
- Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens du CIML et de la région marseillaise (réseau BIOTIC).
Connaissances
- Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudo-time, apprentissage statistique, etc.)
- Des connaissances en analyse de données multi-omiques à l’échelle unicellulaire seraient un plus
- Connaissance pratique des outils de conteneurisation (Docker, Singularity), gestionnaires de version (Git) et gestionnaires de workflow (Snakemake) souhaitée.
- Connaissance des systèmes sous Unix/Linux, Shell.
- Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral
Savoir-Faire
- Maîtrise de la programmation en R et langage Python.
- Maîtrise de logiciels d’analyse de données génomiques (CellRanger, STAR, Trinity), immunogénomiques (IgBlast, IMGT), et single-cell (Seurat, Monocle, Velocyto).
Aptitudes
- Capacités organisationnelles, de rigueur et d’adaptabilité, présentation synthétique des résultats scientifiques.
- Bonne communication avec les biologistes, intérêt pour les questions biologiques.
- Habitude du travail en équipe, capacités d’écoute et de proposition. Autonomie.
- Intérêt pour les aspects méthodologiques de l’analyse de données.
- Excellentes aptitudes à la communication avec des personnes de différents univers et compétences (biologistes expérimentaux, bio-informaticiens, cliniciens, étudiants…)
- Intégrité et respect de la confidentialité
Spécificités du poste
Le poste se situe au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe pluridisciplinaire composée d’experts et expertes en bioinformatique, ainsi que d’immunologistes. Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling) qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes) co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d’analyse « single-cell & multiomiques », et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré(e) par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.
Expérience souhaitée
- BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées.
- Expérience réussie de >1 an en bioinformatique appliquée aux données transcriptomiques, idéalement à l’échelle single-cell