Mots-Clés

python restfull API nextflow CI/CD

Description

Description du poste : Développeur Informatique Scientifique

Afin de renforcer son équipe bioinformatique, le laboratoire ALCEDIAG (filiale du groupe ALCEN), recrute des aujourd’hui un développeur informatique scientifique qui travaillera à la fois sur nos pipelines de traitement des données et sur nos API backend. Ce poste combine à la fois le développement et la maintenance de services backend et le développement de pipelines hautement performants pour le traitement de données scientifiques. Le candidat travaillera dans un environnement multi-disciplinaire en étroite collaboration avec des biologistes, des informaticiens et des cliniciens.

Contexte :

ALCEDIAG (filiale du groupe ALCEN) est une société de diagnostic innovante spécialisée dans le développement et la commercialisation de tests sanguins, de solutions de suivi et de diagnostics compagnons, principalement axés sur la santé mentale. Ces offres s’appuient sur l’expertise unique de la société en matière d’épigénétique, d’ARN et d’intelligence artificielle, complétée par des connaissances en neurosciences et en psychiatrie.

ALCEN est un groupe industriel français actif dans cinq secteurs : Défense & Sécurité, Energie, Médical & Santé, Aéronautique & Espace et Grande Instrumentation Scientifique. Son ambition est de mettre en place une politique d’innovation constante dans ces domaines, appliquée en priorité à ses propres produits et services.

Sys2Diag est un laboratoire né en 2015 de l’alliance de deux partenaires aux ambitions complémentaires: le CNRS et le groupe français ALCEN.

Sys2Diag est un laboratoire interdisciplinaire (composée de biologistes, de mathématiciens et d’informaticiens) qui s’appuie sur une longue expérience dans le développement d’innovations de rupture pour le diagnostic médical, sur une recherche fondamentale en biologie synthétique et systémique, et sur des plateformes technologiques de pointe.

Profil recherché :

De formation supérieure minimum Bac + 5 de type ingénieur ou Master ou doctorat en (bio)informatique avec au moins 3 à 5 ans d’expérience en développement d’outils informatiques.

Activités principales :

• Analyser et formaliser les besoins des biologistes du laboratoire.
• Participer à la conception, la mise en place, l’encapsulation, le test et l’optimisation des chaînes de traitement de données issues du laboratoire.
• Développer de nouveaux outils informatiques pour répondre aux besoins des nouveaux projets émergents du laboratoire.
• Développer des applications backend incluant la création d’API REST sécurisées et performantes.
• Configurer et gérer des environnements applicatifs à l’aide de conteneur pour simplifier les processus de développement, de test et de déploiement.
• Assurer un déploiement fiable des applications en production, en mettant l’accent sur la stabilité et l’évolutivité.
• Gérer et optimiser les bases de données relationnelle et non relationnelle de la société.
• Maintenir la qualité du code, corriger les bugs, rédiger la documentation technique et des procédures de contrôle qualité (SOP).
• Apporter un support aux applications en production, incluant la surveillance des performances, le dépannage et l’amélioration continue.
• Participer à la veille technologique de l’infrastructure et de l’architecture de nos applications.

Compétences souhaitées :

• Programmation: Connaissance en algorithmique et Maîtrise approfondie des langages de programmation R, Python et bash.
• OS : Connaissance approfondie des environnements Unix/Linux.
• Workflow: Bonne connaissance d’un gestionnaire de workflow scientifique (Nextflow)
• APIs : Concevoir et implémenter des API RESTful pour nos applications.
• Conteneurisation : Expérience avec Docker et Docker Compose pour la gestion des environnements de développement et de production.
• Bases de données : Compétence en PostgreSQL (relationnelle) et MongoDB (non relationnelle).
• Outils et DevOps: Expérience avec Git, les tests unitaires, l’intégration continue et les meilleures pratiques de développement (GitLab CI/CD, Pytest, Cypress, Sonar, Jenkins, SBOM …).
• Systèmes distribués & Cloud : une expérience des architectures distribuées et des infrastructures cloud (Kubernetes, S3) serait un plus.
• Des connaissances en intelligence artificielle et programmation GPU serait un plus.
• La connaissance des méthodes de traitement de données biologiques issues de séquençage à haut débit (NGS) serait un plus.
• De bonnes notions de statistiques serait un plus.
• La connaissance des règlementations pour le développement de dispositif médicaux serait un plus (IEC62304, IVDR 2017/746, …).
• Anglais fluent.

Qualités requises :

• Réactivité, dynamisme, autonomie, capacité d’organisation et d’initiative.
• Capacité à travailler en équipe et, plus particulièrement dans un milieu interdisciplinaire.
• Rigueur, bon esprit d’analyse et de synthèse.
• Une expérience industrielle est un plus.