Mots-Clés
Transcriptomique
single-cell
integration de données
multi-omics
LAM
résistance aux traitement
maladie résiduelle
Description
**Description du poste **
Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique motivé(e) et rigoureux(se) pour rejoindre l’équipe de Jean-Emmanuel Sarry « Métabolisme et Résistance Thérapeutique dans les leucémies aiguës myéloïdes » au Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse. Notre équipe METAML étudie les mécanismes adaptatifs métaboliques et mitochondriaux contribuant aux résistances thérapeutiques dans les Leucémies Aiguës Myéloïdes (LAM) afin d’identifier de nouvelles vulnérabilités thérapeutiques dans ces cancers. Nos projets sont basés sur des modèles de type « patient-derived-xenograft, PDX » à partir de banques d’échantillons primaires de patients issus de large collection cliniques grâce à notre étroite collaboration avec une équipe de cliniciens du service d’hématologie (Pr Christian Récher) et du laboratoire d’hématologie biologique (Prs Véronique de Mas, François Vergez) du CHU de Toulouse. https://www.crct-inserm.fr/metaml/
Nous recherchons un collaborateur/trice ayant une expérience validée en bioinformatique et en analyse de données génomiques haut-débit. Le/La personne retenue travaillera dans une équipe de recherche pluridisciplinaire composées de biologistes, de cliniciens et bénéficiera d’un réseau de bioinformaticiens experts en analyse de données multimodales ainsi que de mathématiciens de l’Université de Toulouse.
Activités principales
- Analyser de données bulk RNA-seq et single-cell RNA-Seq issues des projets de l’équipe.
- Intégration à d’autres données multi-omiques (CYTOF, protéomique, métabolomique).
- Gestion et développement de notre database transcriptomique METAML pour une médecine de précision et de prédiction.
- Développer des codes d’apprentissage automatique et profond pour la prédiction métabolique de la rechute.
- Collaborer et faciliter l’interaction entre le groupe et les autres bioinformaticiens du CRCT (Pôle Technologique, Equipe Véra PANCALDI) et nos collaborateurs externes (Equipes L. LeCAM, P. NAZAROV, O. AYRAULT, JJ SCHURINGA, J. TAMBURINI).
Activités associées
- Rédaction de rapports scientifiques, communication des résultats en réunions d’équipes et aux collaborateurs et participation aux conférences/réunions avec les partenaires.
- Organisation des dépôts des données et de logiciels.
- Création d’interfaces web pour les outils bioinformatiques et les codes produit par le groupe.
- Utilisation de pipelines déjà conçus, les adapter si nécessaire et les améliorer pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.
- Veille de la littérature sur les analyses intégratives multi-omique.
- Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens du CRCT.
Connaissances et Savoir-Faire
- Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données single-cell.
- Github et le versioning.
- Connaissance en administration système sous Unix.
- Maîtrise de la programmation en R et langage Python, shell scripting et capacité à apprendre d’autres langages de programmation.
- Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (t-SNE, UMAP, etc.)
- Développement de logiciels et de portails web.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyses et des résultats générés ainsi que la reproductibilité des résultats.
- Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
Aptitudes
- Habitude du travail en équipe, capacités d’écoute et de proposition.
- Autonomie et esprit d’initiative.
- Capacités organisationnelles, de rigueur et d’adaptabilité, présentation synthétique des résultats scientifiques.
- Intérêt pour les aspects méthodologiques de l’analyse de données et pour les questions biologiques.
- Excellentes aptitudes à la communication avec des personnes de différents univers et compétences (biologistes expérimentaux, bio informaticiens, cliniciens, étudiants…)
- Intégrité et respect de la confidentialité
- Gestion du temps et des délais
Spécificité du poste
Le poste se situe au CRCT, Centre de Recherches en Cancérologie de renommée internationale, localisé au cœur de l’Oncopole de Toulouse. Dans un environnement dynamique et collaboratif, vous aurez l’opportunité d’analyser des données riches et variées afin de mieux comprendre les mécanismes de résistances aux traitements des LAM. Ces analyses contribueront à la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques plus efficaces au bénéfice des patients.
Expérience souhaitée
- BAC+5 en bioinformatique, informatique.
- Expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données transcriptomiques, idéalement à l’échelle single-cell.