Mots-Clés

pipeline analyse diagnostique service MOABI APHP

Description

CDI Ingénieur.e Bioinformatique

Description du poste

Au sein du pôle Innovation et Données de la DSI de l’AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions :

• La centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux
• Leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés
• La mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats
• L’animation d’une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d’ingénieurs
• Le support technique et scientifique, la formation
• La veille technologique en bioinformatique

La stratégie mise en place à MOABI pour le développement de pipelines d’analyses permet de garantir un niveau de standardisation, de traçabilité et de reproductibilité de qualité industrielle.

Afin de renforcer ses activités bioinformatiques, la plateforme MOABI recherche un.e ingénieur.e en bioinformatique, dont les missions seront les suivantes :

• Participer au déploiement des solutions MOABI : accompagner les laboratoires de génétique dans l’analyse de leurs données.
• Définir des besoins en lien avec les utilisateurs
• Proposer, mettre au point et valider des solutions d’analyse de données de séquençage à visée diagnostique
• Apporter un support / Former les utilisateurs à ces solutions
• Assurer une veille scientifique afin de proposer les méthodes d’analyses de données de séquençage à la pointe de l’innovation
• Participer à la conception des projets de développements logiciels conduits par la plateforme

Compétences professionnelles

• Expérience d’au moins 2 ans en analyses de donnée de séquençage (Maîtrise des concepts et outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés en génomique et pour les analyses de données NGS)
• Excellente connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications
• Excellente connaissance d’un langage de script (Python, Bash)
• Excellente connaissance de R
• Maîtrise de l’environnement Linux/Unix
• Pratique courante de l’anglais écrit et oral
• Connaissance des algorithmes d’auto-apprentissage
• Connaissances en pathologie moléculaire
• Organisation et gestion de projet

Compétences interpersonnelles

• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles
• Excellentes qualités de communication
• Excellent esprit d’équipe et sens relationnel
• Autonomie, rigueur, méthode
• Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme.
• Capacité de communication sur son travail
• Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
• Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales.
• Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
• Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Qualifications

Ingénieur(e) A+ et/ou PhD et/ou MD (Bioinformatique, Mathématiques, Biostatistique, Informatique)

Informations

• CDI à pourvoir dès que possible avec possibilité de télétravail jusqu’à 3 jours par semaines.
• Dossier de candidature : Lettre de motivation et CV

Contact

ismael.padioleau@aphp.fr
guillaume.meurice@aphp.fr
alban.lermine@aphp.fr