Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

transcriptomique single-cell spatiale tumeurs endocrines multiomique

Description

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique pour rejoindre l’équipe de Jérôme Bertherat « Génomique et Signalisation des Tumeurs Endocrines» à l’Institut Cochin. https://institutcochin.fr/equipes/genomique-signalisation-tumeurs-endocrines

Notre équipe utilise des approches génomiques pour mieux comprendre la physiopathologie des tumeurs de la surrénale et proposer des marqueurs pour le diagnostic, le pronostic et le traitement des patients.
Nos projets actuels impliquent de nouvelles technologies de séquençage (RNA-seq 3’, single-cell multiome, transcriptomique spatiale) et de caractérisation spatiale (notamment transcriptomique, métabolomique et immunofluorescence multiplex) sur des tissus tumoraux de patients. La personne recrutée aura pour missions la gestion et l’analyse bioinformatique des données de séquençage d’ARN et des approches spatiales.

Activités principales
- Analyse de données de transcriptomique bulk, single-cell et spatiale issues des projets de l’équipe
- Intégration à d’autres données multi-omiques (génomique, protéomique, métabolomique, image)
- Gestion des données génomiques / transcriptomiques et dépôt sur des databases publiques

Activités associées
- Rédaction de rapports scientifiques, communication des résultats en réunions d’équipes et aux collaborateurs et participation aux conférences/réunions avec les collaborateurs
- Veille scientifique et technologique
- Création d’interfaces web pour les outils bioinformatiques et les codes produit par le groupe
- Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens de l’Institut Cochin (Hub’IC) et de l’Université de Paris (i-Popup)

Connaissances et Savoir-Faire
- Programmer sous environnement Unix/Linux, langage R et/ou Python
- Maitriser les outils courants d’analyse transcriptome
- Utiliser les bases de données publiques en génomique (NCBI, BioMart…)
- Utiliser d’un cluster de calcul
- Maîtriser l’anglais scientifique écrit et oral
- Connaissances générales dans le domaine des sciences de la vie et de la génomique fonctionnelle. Des connaissances ou un intérêt pour l’endocrinologie et/ou la cancérologie seront un atout

Aptitudes
- Dynamisme et autonomie pour l’implémentation d’outils d’analyse bioinformatique
- Organisation et rigueur scientifique
- Communication et travail en équipe
- Intégrité scientifique et respect de la confidentialité
- Comprendre la littérature scientifique (en anglais) liée à la thématique de recherche et aux méthodes appliquées

Niveau de diplôme et formations
- Master 2 en bioinformatique