Mots-Clés
Biodiversité, Evolution, Génomique, Archaea
Description
Référence de l’offre : ARCHANE
Lieu de travail : UMR8030 Génomique Métabolique, Genoscope, EVRY, France
Type de contrat : CDD
Durée du contrat : 18 mois
Niveau d’études souhaité : Master 2 ou doctorat
Date prévue d’embauche : Septembre 2025
Quotité de travail : Temps plein
Rémunération : salaire en fonction de l’expérience.
Missions
Ce projet fait partie de l’ANR ARCHANE qui se concentre sur l’évolution du cytosquelette et de la division cellulaire chez les archées. L’hypothèse de travail est que les gènes de type eucaryote (ESPs) ont été accumulés par une acquisition horizontale progressive de gènes et une graduelle de différentes caractéristiques de biologie cellulaire au sein de la lignée des archées d’Asgard. Compte tenu de l’expansion massive des bases de données sur le génome des archées au cours des dernières années, en grande partie grâce aux efforts de la métagénomique, nous visons à réévaluer la diversité, la distribution et l’évolution des ESP dans les archées. Ce travail fera partie du WP1 qui se concentre sur la distribution et l’évolution des protéines archées et eucaryotes impliquées dans le cytosquelette et la division cellulaire à travers les pangénomes d’archées. Un deuxième objectif est d’améliorer la méthodologie de détection, d’annotation et de classification des ESP, ainsi que de partager les ressources générées avec la communauté scientifique.
Activités
Le candidat effectuera
Des analyses pangénomiques chez les Archées
Des approches de recherche par des profils HMM pour identifier les protéines ciblées
L’analyse du contexte génomique en utilisant l’approche de la culpabilité par association
Prédiction de modèles structuraux en utilisant par exemple AlphaFold
Des analyses phylogénomiques.
Compétences
Le candidat doit avoir mené des travaux en biologie computationnelle et évolutive
Compétences en génomique comparative, analyse à l’échelle du génome et utilisation de profils HMM
Compétences en phylogénie
Des compétences en pangénomique seraient appréciées.
Environnement Linux (scripting, cluster)
Le candidat doit être rigoureux et méthodique, autonome, organisé, capable de travailler en équipe et d’avoir un bon relationnel.
Contexte de travail
Le travail se déroulera au Genoscope (Institut de biologie François Jacob - CEA - Evry) dans l’unité de recherche (UMR8030 Génomique Métabolique CEA/CNRS/Université d’Evry Val d’Essonne). Le travail sera réalisé, sous la supervision de Violette Da Cunha, au sein du Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, https://labgem.genoscope.cns.fr) dirigé par David Vallenet.