Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bio informatique

Description

L’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO, Marseille), fait partie de l’Institut OSU-Pythéas et est sous la direction conjointe de l’Université Aix-Marseille, de l’Université de Toulon, du CNRS et de l’IRD. Son objectif est de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse au changement global. Le MIO constitue ainsi un centre d’expertise en biologie marine, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et sédimentologie. Au sein du MIO, vous intégrerez l’équipe MEB du MIO et bénéficierez d’un accompagnement structuré via notre plateforme OMICS.
Votre mission s’inscrira dans le cadre des activités bio-informatiques de la plateforme OMICS (resp. Sonia Bouchard) du MIO, labellisée plateforme technologique AMU et certifiée ISO9001v2015. Vous participerez au projet de recherche GRILLON (PI: Liebgott PP., Casalot .L, Bouchard S., Armougom F. 2025-2026) dont l’objectif global est le développement d’un système de production de biohydrogène. Cette étude vise à identifier et comprendre les mécanismes fins régissant le fonctionnement des microorganismes présents dans des échantillons d’intérêt. Votre travail portera principalement sur l’analyse de données omiques (i.e métagénomique/métabarcoding, voire metatranscriptomique) issues du séquençage long-read via le Gridion Nanopore, avec un focus particulier sur les aspects taxonomiques et fonctionnels. La formation associée couvrira plusieurs dimensions: (i) Techniques & informatiques : maîtrise des outils bio-informatiques (R/Rstudio, serveur, Unix, administration système) et des langages de programmation (Python, Shell) ; (ii) analytiques : gestion des données de « big data », via la mise en œuvre de processus analytiques complexes type pipeline ; (iii) conceptuelles : interprétation de processus métaboliques microbiens ; et enfin (iv) relationnel : participation à des échanges scientifiques (discussions, réunions) et valorisation des résultats sous forme de présentations et de publications.
En formation universitaire en bio-informatique, vous possédez des connaissances dans le domaine de de la microbiologie et le séquençage haut débit. Les compétences souhaitées, ou en cours d’apprentissage, ciblent l’analyse de données de séquençage de troisième génération par la technique Nanopore, la biostatistique, un langage de programmation (Python,Shell,R), et la métagénomique. Vous devrez faire preuve de rigueur, d’une bonne capacité d’écoute et d’un bon relationnel pour interagir avec les membres de l’équipe.