Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

analyse d'images cryo-microscopie électronique cryo-EM virus respiratoire syncytial VRS virologie structurale biologie structurale

Description

Sujet de thèse :
Le virus respiratoire syncytial (VRS) est la principale cause de bronchiolite et de pneumonie chez l’enfant, avec un impact chez les personnes âgées comparable à celui de la grippe. Bien que des options prophylactiques, telles que des vaccins et des anticorps monoclonaux, soient, depuis peu, disponibles, il n’existe pour l’instant aucun traitement thérapeutique efficace. La transcription et la réplication intracellulaires du matériel génétique du VRS sont des étapes clés de la propagation de l’infection, ce qui en fait des cibles thérapeutiques attrayantes; cependant, au niveau structural les mécanismes moléculaires impliqués restent mal compris. Ces fonctions sont assurées par les ribonucléoprotéines virales (RNPs), composées de l’ARN génomique viral enroulé en une nucléocapside hélicoïdale par une nucléoprotéine dédiée, de l’ARN polymérase virale avec son cofacteur, ainsi que d’un facteur de transcription. Si les structures tridimensionnelles des composants individuels des RNPs sont pour la plupart connues, les RNPs reconstituées à partir de ces éléments ne sont pas fonctionnelles. Nous avons récemment développé une approche permettant d’assembler des mini-RNPs actives. En s’appuyant sur cette avancée majeure, ce projet de thèse visera à analyser les images de cryo-microscopie électronique (cryo-EM) des mini-RNPs fonctionnelles figées dans différents états fonctionnels définis afin d’en déterminer les structures atomiques. Les informations structurales obtenues seront intégrées aux données fonctionnelles et dynamiques issues de notre équipe et de celles de nos partenaires nationaux et internationaux afin d’élaborer le premier modèle mécanistique de la synthèse de l’ARN du VRS.
Rôle du doctorant :
Ce travail permettra au doctorant d’acquérir une expertise solide en cryo-microscopie électronique 3D et l’analyse d’images. Le doctorant sera intégré à un réseau de jeunes chercheurs travaillant sur différents aspects de la synthèse du génome du VRS et de l’assemblage des virions, et bénéficiera de nombreuses opportunités de collaborations.
Compétences/Qualifications :
Biologie structurale (un intérêt pour l’apprentissage de la cryo-EM et de l’analyse avancée d’images cryo-EM 3D est essentiel), informatique (les calculs seront effectués sur un cluster de calcul haute performance, le travail quotidien se fera dans un environnement Linux ; des connaissances en Python seraient un atout).