Mots-Clés
NGS
Génomique
Transcriptomique
Multiomiques
Intelligence artificielle
deep learning
génétique humaine
Description
La Fondation Jean Dausset - CEPH (Centre d’Etude du Polymorphisme Humain) est une Fondation à but non lucratif reconnue d’utilité publique située à Paris Xème impliquée dans des programmes de recherche nationaux et internationaux en génétique et génomique humaines (https://www.fjd-ceph.org/), tels que MyPEBs (EU-FP9), POPGEN (Plan France Médecine Génomique), MITOCHONGEVITY (France Génomique), l’infrastructure BioCf (Equipex) et AGENOMICS (AXA Research Fund). La Fondation Jean Dausset - CEPH dispose d’un Centre de Ressources Biologique (certifié ISO 20387 :2018) regroupant les cohortes nationales majeures en santé (cohorte COBLANCE, CONSTANCES, ELFE, E3N/E4N, …), d’un laboratoire de Recherche en Génomique translationnelle utilisant des approches de pointe générant des données multi-omiques, et d’une équipe de Bio-informatique disposant pour l’analyse des données haut-débit d’un cluster de calcul avec gestionnaire de travaux composé de 20 serveurs de calcul (450 cœurs logiques et 2 To de RAM) et deux baies de stockage robustes (capacité de 220 et 260 To) avec également un accès au calculateur haute performance du CEA.
La Fondation Jean Dausset - CEPH recrute un.e Bio-informaticien.ne (CDI) pour renforcer ses capacités en analyses de données.
Missions
• Développer et mener des projets de recherche en bio-informatique
• Conduire les analyses bio-informatiques et statistiques des projets de recherche en génétique et génomique humaines de la Fondation.
Encadrer des étudiants et des stagiaires
Activités
• Être l’instigateur de nouveaux programmes et projets de recherche en bio-informatique, génétique et/ou génomique (réponse aux AAPs) avec des approches nouvelles et originales (IA, …) et exploitant les données génomiques de la Fondation.
• Concevoir, implémenter et optimiser des solutions (nouveaux outils et pipelines) pour l’intégration et l’exploitation des données de différents types d’expériences et plateforme de séquençage (WGS, WES, TGS, RNA-seq, puces à ADN, séquençage de 2ème et 3ème générations).
• Conduire les analyses bio-informatiques pour les différents projets de recherche de la Fondation incluant les contrôles qualité sur des données génomiques, l’interprétation et la présentation des résultats.
• Mettre à disposition des autres équipes de la Fondation son expertise et ses conseils pour l’analyse de leurs données et le montage de projets de recherche. Les accompagner et les former dans l’utilisation des outils statistiques en fonction de leurs besoins.
• Assurer une veille technologique dans le domaine du traitement de données issues de l’(épi)génomique et la transcriptomique avec un focus particulier sur les outils dérivés de l’Intelligence Artificielle
Formation
• Titulaire d’un diplôme d’une Ecole d’Ingénieur ou d’une Thèse de Sciences, vous devrez justifier d’une formation en informatique ou bio-informatique, suivie d’une expérience d’au moins 3 ans en analyse de données dans le domaine de la génomique.
• Bonnes connaissances en génétique et génomique humaines et en analyse de données de séquençage.
• Des connaissances en statistiques seraient aussi appréciées
Compétences Requises
• Forte motivation scientifique et capacité de se projeter dans une petite structure ambitieuse avec une orientation vers l’impact scientifique plutôt que financier. Fortes compétences organisationnelles, rédactionnelles et analytiques, rigueur, respect, responsabilité.
• Aptitude à comprendre des problématiques scientifiques dans le domaine biomédical.
• Goût pour le travail en équipe, capacité à se mettre au service des autres équipes.
• Capacités à communiquer au sein d’équipes pluridisciplinaires et bon relationnel.
• Excellent niveau d’anglais et de français, aisance à l’oral et à l’écrit.
• Motivation, dynamisme et curiosité.
• Compétences techniques :
- Bonne connaissance du domaine du génie logiciel et de la bio-informatique
- Bonne connaissance d’Unix, Bash, Python, clusters de calcul (Slurm, LSF)
- Bonne connaissance des outils de traitement de données NGS (WGS, WES, TGS RNA-seq) de préférence en santé humaine (maladies rares, cancer)
Salaire
• Selon qualification & expérience
Candidature (lettre de motivation et CV avec liste de publications) à transmettre à l’attention de :
• Jean-François Deleuze et Eric Charretier à (rbi@fjd-ceph.org ).