Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Streptococcus uberis genomique phenomique inflammation metabolisme

Description

Streptococcus uberis est un des principaux agents responsables de mammites chez la vache laitière, que ce soit des mammites cliniques ou subcliniques. Les répercussions sur l’élevage sont nombreuses : pertes économiques, altération du bien-être animal ou encore utilisation accrue d’antibiotiques. La mise en œuvre de nouvelles stratégies pour lutter contre les mammites causées par S. uberis nécessite de mieux connaître le processus infectieux et, plus spécifiquement, les caractéristiques génotypiques et phénotypiques importantes pour le déroulement de l’infection.
Ce projet aura pour premier objectif (Tâche 1) de mener à son terme l’analyse du génome de 120 souches de S. uberis isolées en France de mammites cliniques ou subcliniques, avec une attention particulière portée aux gènes impliqués dans la virulence, la résistance aux antibiotiques ainsi que l’adaptation métabolique aux conditions inflammatoires.
Le candidat réalisera ensuite une analyse fonctionnelle des voies métaboliques identifiées dans la tâche 1 comme spécifiques à S. uberis (Tâche 2).
Enfin, une analyse sans a priori des voies métaboliques activées par S. uberis lors d’un croissance en lait sain ou en condition inflammatoire permettra au candidat de déterminer comment S. uberis s’adapte aux conditions inflammatoires lors des mammites (Tâche 3).
Les données des Tâches 1, 2 et 3 seront intégrées dans une analyse globale de type mixOmics.
Ces données nous permettront de mieux comprendre le succès de S. uberis comme pathogène de mammite et serviront ensuite de support pour la mise en œuvre de nouvelles stratégies vaccinales ou d’alternatives aux antibiotiques pour favoriser l’élimination de S. uberis.