Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

data scientist deep learning

Description

Le projet EcoControl, financé par le PEPR AgroEcologie & Numérique, vise à décrire, comprendre, prédire les régulations naturelles d’insectes ravageurs de cultures par des insectes parasitoïdes afin d’envisager une alternative à l’utilisation de pesticides.

Dans ce projet, la mission de notre équipe est de concevoir une architecture informatique pour :
- Analyser massivement des séquences et des images pour accélérer l’assignation taxonomique des insectes parasitoïdes
- Intégrer l’ensemble des données et des connaissances issues de la littérature, les connaissances des experts du domaine membres du projet, et les prédictions des modèles développés par nos partenaires.
- Proposer une interface d’interrogation des données et des connaissances du projet utilisable en langage naturel aussi bien par des experts que par des agriculteurs.

Votre mission sera de :
- Structurer et renseigner le Data Lake qui consolidera les données et les connaissances du projet
- Développer ou intégrer les pipelines d’analyses pour l’assignation taxonomique à partir de séquences et d’images
- Développer une première version fonctionnelle d’un agent conversationnel exploitant un RAG (Retrieval Augmented Generation), pour exploiter le plus précisément et simplement possible les données et les connaissances stockées dans le Data Lake

Les compétences recherchées sont :
- Maitrise de l’environnement linux et du langage de programmation python
- Bonne culture théorique et pratique en « deep learning »
- Des connaissances en analyse d’images et/ou de séquences seraient un plus.
- Intérêt pour la biologie indispensable
- Motivation, rigueur et fiabilité également indispensables