Mots-Clés
Spatial Transcriptomics
scRNAseq
Spatial Trancriptomics
Description
Mission principale
Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique motivé(e) et créatif(ve) pour rejoindre
l’équipe de Michel Aurrand-Lions “Intéractions leuco/stromales dans l’hématopoïèse normale et pathologique” au Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille. Notre équipe étudie les mécanismes de communications cellulaires entre les cellules souches leucémiques (CSL) et le microenvironnement de la moëlle osseuse dans les hémopathies myéloïdes (Syndromes Myélodyspasiques, Syndrome Myéloprolifératifs et Leucémies Aigües Myéloïdes -LAM-). Nous utilisons aussi bien des modèles expériementaux chez la souris que l’étude d’échantillons de patients récoltés dans le cadre d’essais cliniques conduits à l’Institut Paoli-Calmettes. Le projet pour lequel la personne sera recrutée consistera en l’étude des caractéristiques d’expression génique des CSL au niveau de la cellule unique et la corrélation entre profil d’expression génique et résistance ou sensibilité au traitement par inhibiteurs de ménine. Le projet reposera sur l’exploitation de données propres générées au sein du laboratoire, de données générées dans le cadre d’essai cliniques ou de données publiques d’expression génique. La personne retenue travaillera au sein de l’équipe composée de biologistes et d’une clinicienne biologiste en étroite collaboration avec la plate-forme de Bioinformatique Intégrative (Cibi) du CRCM afin de bénéficier d’un réseau de bio-informaticiens experts en analyse de données de séquençage aussi bien dans le cadre du soin que dans le cadre de la recherche translationnelle.
Activités principales
• Analyse de données de séquençage d’ARN en bulk, en cellules uniques et en transcriptomique spatiale
• Développement de code et analyse pour l’intégration de données multimodales (DNAseq, RNAseq, cytométrie …)
• Mise à disposition des outils développés sous forme d’interface web/shiny
• Développer, améliorer, maintenir et transférer vers la plate-forme Cibi les pipelines existantsqui sont développés au seuin de l’équipe de recherche
Connaissances
• Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudo-time, apprentissage statistique, etc.)
• Gestionnaire de version, GitHub
• Maîtrise de l’anglais scientifique à l’écrit et à l’oral
• La connaissance des algorithmes d’analyse en cellules uniques ou en spatial transcriptomique serait un plus
Savoir-faire
• Maitrise de la programmation en R et Python
• Maitrise des logiciels d’analyse de données RNA-seq (Limma, DESeq2, STAR…) et de données single-cell RNA-seq (Seurat, Monocle, …).
Aptitudes
• Intérêt pour des questions biologiques et capacité à interagir avec les biologistes
• Capacité à travailler en équipe et à collaborer, capacité d’écoute, force de proposition
• Intégrité, rigueur scientifique
• Aptitude à communiquer avec des intervenants pluridisciplinaires: biologistes, cliniciens, physiciens, mathématiciens,....