Actualités
Voeux 2023
Bonjour à tous,
La SFBI vous souhaite une excellente nouvelle année 2023 et vous présente ses meilleurs vœux.
Quelques événements et actions vont marquer cette nouvelle année pour la SFBI. En effet ECCB/ISMB se déroulera à Lyon du 23 au 27 juillet, et la SFBI est partie prenante dans l’organisation de cette conférence durant laquelle nous aurons l’occasion de présenter la communauté bioinformatique française. Par ailleurs, nous ne renonçons pas à notre conférence annuelle : JOBIM se déroulera dans un nouveau format sur plusieurs sites (Montréal, Nancy, Nice, Pointe-à-Pitre, Roscoff, et Tours) du 27 au 30 juin.
Nous aimerions, pour cette année, débuter un répertoire des laboratoires dédiés à la bioinformatique ou accueillant des bioinformaticiens. Cette action a commencé par la mise en place d’un formulaire à remplir lors vos adhésions pour indiquer vos affiliations. Nous espérons ouvrir ce formulaire à tous les utilisateurs du site, pour in fine créer un répertoire et surtout une vue dynamique des structures d’accueil en France.
Enfin nous continuerons nos actions, en particulier sur la diffusion des offres d’emplois et stage, le soutien financier de déplacements ou d’organisations d’évènements, et la représentation de notre communauté au travers des différents réseaux en cours de structuration et association (COSSAF).
En espérant que la SFBI puisse continuer à être, à travers ses actions, une source de dynamisme pour notre communauté et de soutien pour chacun d'entre vous.
Anna-Sophie Fiston-Lavier, présidente
Matthias Zytnicki, vice-président
Maria Bernard, vice-présidente
Cyril Noël, trésorier
Yves Clément
Erwan Corre
Elodie Darbo
Sandra Dérozier
Delphine Potier
Bulletin SFBI 2022 #2
La SFBI est heureuse de vous présenter son deuxième bulletin d'information 2022. Vous recevrez chaque trimestre un mail de synthèse sur les principales nouvelles de la communauté SFBI, ainsi que les activités de la SFBI et actions en cours. En complément de ce mail, nous vous invitons à découvrir et lire les actualités sur le nouveau site de la SFBI et celles du site des Bioinfomations. Ce dernier site regroupe les articles des actualités de la SFBI, les Jeunes Bioinformaticiens de France, Bioinfo-fr.net, IFB et du GDR-BIM.
Dans ce bulletin, vous trouverez des informations importantes sur JOBIM2023 et la conférence ISMB/ECCB2023.
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JOBIM2022 :
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Un grand merci à tous:
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Plus de 500 participants, 42 présentations orales, 226 posters et 17 démos
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Et aux organisateurs au top pour un retour au présentiel avec une superbe ambiance !
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De très belles présentations des invités
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Les actes et photos de l'évènement sont disponibles sur le site :
https://jobim2022.sciencesconf.org/resource/page/id/22
https://data-access.cesgo.org/index.php/s/LSZOb1SNn6ESMAG -
Félicitations aux trois lauréats des prix SFBI :
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Meilleure présentation : Brice Letcher, EMBL-EBI
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Meilleur poster : Martina Rimoldi, EMBL-EBI
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Meilleur poster/Demo : Oshma Chakoory, UCA
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Et merci au Jury !
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Félicitations aux 28 boursiers de la SFBI depuis le début de l'année 2022 ( dont 20 pour JOBIM2022 )
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La SFBI est heureuse d'avoir pu soutenir deux familles et ainsi aider les parents bioinfo à participer à JOBIM
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Deux conférences de Bioinformatique en France en 2023
ISMB/ECCB 2023 - 23/07/2023 au 27/07/2023
Tous les 4 ans, la Société Internationale de Bioinformatique (ISCB pour International Society of Computational Biology) se joint à la Communauté Européenne de Bioinformatique pour l’organisation d’une conférence en Europe. La conférence internationale ISMB-ECCB (Intelligent Systems for Molecular Biology - European conference on Computational Biology) 2023 se déroulera en France, à Lyon, du dimanche 23 au jeudi 27 juillet 2023. La tenue de cette conférence prestigieuse en France représente une occasion unique pour toute la communauté nationale de participer à une conférence internationale en Bioinformatique. Pour les jeunes bioinformaticiens, la conférence ISMB-ECCB 2023 est l’occasion de rencontrer la communauté internationale, et ainsi parfaire leur réseau, explorer d’autres thématiques de la bioinformatique et cela à moindre frais.
Malgré cette économie des frais de transport, les coûts d’inscriptions (même subventionnés) des conférences ISMB restent plus élevés que ceux des JOBIM. Afin de faciliter l'accès à cette conférence, la SFBI proposera des inscriptions à des tarifs préférentiels pour ses membres (pensez donc à adhérer à l’association). De son côté, en complément, le GDR-BIM proposera des bourses pour prendre en charge les frais de mission des doctorants et post-doctorants.
Contactée par l’ISCB qui pilote les conférences ISMB-ECCB, la SFBI a négocié avec les organisateurs de cet événement l’organisation d’une session “Bioinformatique Française”. Cette session planifiée durant la conférence ISMB-ECCB 2023 aura pour but de mettre en avant les spécificités de la bioinformatique en France avec des orateurs invités de notre communauté et un événement social local. Cette session sera pilotée par la SFBI avec le soutien d’autres structures de la bioinformatique française (GDR-BIM et IFB).
Pour cela, la présidente de la SFBI (Anna-Sophie Fiston-Lavier) a été invitée à siéger au comité de pilotage.
Pour plus d’informations, nous vous invitons à visiter le site : https://www.iscb.org/ismbeccb2023/
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JOBIM2023 - 27/06/2023 au 30/06/2023
Par ailleurs après plusieurs discussions avec le collège d’experts et au sein de la SFBI, il a été décidé par le bureau de la SFBI de maintenir la conférence JOBIM en 2023. Elle aura lieu en amont du congrès ISMB-ECCB, du mardi 27 au vendredi 30 juin 2023, afin de permettre au plus grand nombre de partager leur travail avec la communauté bioinformatique; et cela toujours dans une atmosphère bienveillante et donc propice aux présentations des jeunes bioinformaticiens.
L’organisation des JOBIM requiert habituellement deux ans de préparation. Depuis quelques années, plusieurs villes de France candidatent auprès de la SFBI pour l'organisation des JOBIM en dehors des grandes villes habituelles. Dans ces conditions tardives, la SFBI a décidé de solliciter plusieurs de ces villes pour proposer en 2023 un congrès multisites. Ce JOBIM pilotée par la SFBI se tiendra en présentiel dans 6 lieux représentant des grandes régions avec des bioinformaticiens francophones: dans le Grand-Ouest (co-organisation Plouzané/Roscoff); dans le centre (co-organisation Tours/Orléans/Poitiers); dans le Nord-Est (co-organisation Nancy/Dijon); dans le Sud (organisation Nice); dans les Antilles Françaises (organisation Point-à-Pitre) et au Canada (organisation Montréal). Les organisateurs locaux s’efforceront de mettre en place des événements sociaux et des soirées de gala aux couleurs de la région. Les keynotes et orateurs sélectionnés pourront être dispatchés sur les différents sites permettant ainsi de conserver une bonne interaction (un contact humain). La SFBI encourage donc tous les participants à suivre la conférence en présentiel en rejoignant un des sites. Cette session se tiendra comme d’habitude sur 4 jours avec en fin de matinée les sessions posters et les conférences l’après-midi afin de prendre en compte le décalage horaire.
Les membres de la SFBI avec l’implication des locaux des différents sites investis dans cette nouvelle mission se sont répartis les tâches de la manière suivante :
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Présidents de Comité d’Organisation : Erwan Corre, Emmanuelle Morin et Cyril Noël.
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Présidents de Comité de Programme : Yves Clément, Delphine Potier et Matthias Zytnicki.
Sites - Contacts locaux
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Grand Ouest - Erwan Corre (Roscoff), Cyril Noël (Plouzané)
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Grand Est - Emmanuelle Morin (Nancy), Jonathan Kreplak (Dijon)
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Sud - Karine Robbe-Sermesant (Nice)
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Centre - Gaëlle Lefort (Tours), Bouziane Moumen (Potiers), Odile Rogier (Orléans)
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Antilles Françaises - David Couvin (Guadeloupe - Pointe-à-Pitre)
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Canada - Guillaume Bourque, Diallo Abdoulaye (Montréal)
Pour plus d’informations bientôt sur :
https://jobim2023.sciencesconf.org/
Interview de Patricia Thébaut et Romain Bourqui
L'expert (en bioinformatique) au coeur du système (informatique)
Cartes d’identité :
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Entretien :
Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?
Comment formaliser et représenter les intéractions ARN/ARN afin de mettre en évidence des profils d’intéractions pertinents ?
Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?
Romain travaille sur la visualisation de l’information principalement par la représentation des données sous forme de graphes. C’est une discipline relativement jeune ayant émergée il y a une trentaine d’années même si les premiers travaux sont assez anciens. Sa recherche consiste à améliorer des représentations qui existent déjà ou à en créer de nouvelles. Romain est “agnostique aux données” et manipule des types d’objets très divers mais toujours abstraits ( réseaux sociaux, économiques, métaboliques, web analytics etc).
Patricia est experte dans la modélisation de réseaux de régulation sous forme de graphes pour l’étude de la biologie des systèmes qu’elle a appliquée à l’étude des intéractions entre les petits ARN et les ARN messagers ou aux réseaux métaboliques ainsi que sur l’exploitation des données issues de séquençage haut-débit. Même si ses projets partent de cas d’études biologiques, ses recherches sont fondamentalement bioinformatiques et se portent sur la manière de visualiser les données pour mettre en évidence un signal biologiquement pertinent ou identifier des molécules d’intérêt.
Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?
La construction d’un réseau d’interactions entre ARN implique, comme souvent en biologie, un nombre important d’éléments, de types d’interactions et de contextes d’activation. Patricia joue le rôle de l’experte en biologie et bioinformatique, en formalisant les concepts biologiques ( expression, activation, interaction). Romain, à partir de ces concepts, se charge de définir et développer une visualisation de l’ensemble du réseau.
Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?
Patricia et Romain travaillent dans la même équipe BKB, et ont donc régulièrement des occasions de travailler ensemble. L’histoire de ce projet remonte à 2013, lorsqu’un doctorant de Patricia a cherché à utiliser un outil développé par Romain sur un jeu de quelques centaines d’interactions. L’augmentation de la complexité du réseau a révélé le besoin d’outils dédiés. Leur collaboration commence par un long processus d’apprentissage du langage d’expertise de chacun, puis la formalisation de l’ensemble des notions de biologie. Cette première étape a donné lieu à la publication d’un premier article et au développement d’une première version de rNAV. Patricia poursuit ensuite ses recherches sur la prédiction des interactions, et sur les critères permettant de sélectionner celles qui sont les plus importantes. Ensemble, ils développent une nouvelle version incluant ces nouveaux outils et sur de nouvelles visualisations permettant de mettre en évidence ces prédictions, donnant lieu à un second article.
Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?
Leur domaine d’expertise suivent des processus inverses: quand en informatique on part d’un modèle général qui sera affiné si des exceptions apparaissent, en biologie et bioinformatique, on part d’observations individuelles pour créer un modèle général.
Romain trouve dans les données biologiques une complexité particulière avec un nombre important de conventions admises mais non formalisées. Il attend donc de la collaboration avec un.e bioinformaticien.ne de lui fournir ces conventions et/ou de les formaliser.
Leur message
La bioinformatique a su combler le fossé de langage entre la biologie et l’informatique. Bien que les biologistes deviennent de plus en plus autonomes dans l’analyse de leur données (notamment omique), la bioinformatique reste essentielle pour l’analyse fine des données. A noter qu’il y a peu d’informaticiens qui s’orientent vers le monde de la biologie, les bioinformaticien.nes au profil plus marqué en informatique ont également de belles opportunités devant eux.
La SFBI soutient le printemps de l'interdisciplinarité
Du 7 au 9 juin dernier, la Cossaf (Collège des Sociétés Savantes de France) a organisé les printemps de l'interdisciplinarité. Cet évènement avait pour but de mettre en lumière et discuter de l'interdisciplinarité en place mais aussi entre disciplines éloignées.
La SFBI est heureuse d'avoir soutenu l'organisation de cette belle initiative.
https://societes-savantes.fr/mesmerize-3/printemps-de-linterdisciplinarite/
Interview de Stéphanie Le Gras et Christophe Papin
Mutualisme entre une bioinformaticienne de plateforme et un (chercheur) biologiste
Cartes d’identité :
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Entretien
Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?
Comment et où les variants d’histone (ex : H3.3, H2A.Z) remplacent les histones canoniques au sein des nucléosomes, quel impact sur la structure de la chromatine et in fine sur l’expression des gènes ?
Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?
Stéphanie a développé une expertise dans l’analyse des données issues d’expériences de ChIP-seq permettant la localisation génomique des marques d’histone sur l’ADN. Néanmoins, les projets sur lesquels elle intervient demandent l’analyse de différents autres types de données (RNA-seq, DIP-seq, DNAse-seq etc.) devenant ainsi un « couteau suisse », ce qui est assez propre au travail dans les plateformes de service. Christophe s’intéresse depuis son post-doctorat aux rôles des histones variants et de la méthylation de l’ADN dans la régulation transcriptionnelle qu’il étudie en intégrant des données de ChIP-seq, de DIP-seq, de whole-genome-bisulfite-sequencing et de RNA-seq générant des centaines d’expériences de séquençage. Il est expert de la chromatine et associe des données structurales, génétiques et génomiques pour identifier les déterminants génétiques et épigénétiques qui contrôlent le méthylome au cours de la différenciation cellulaire, mais aussi dans certaines situations pathologiques.
Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?
Stéphanie analyse les données issues de séquençage, des données brutes (évaluation de la qualité, nettoyage, alignement sur génome de référence) jusqu’à la réalisation d’analyses avancées et ce, afin de répondre aux questions biologiques posées (e.g. quelles sont les répétitions du génome qui sont différentiellement exprimées entre différentes conditions expérimentales). Elle présente ensuite les résultats dans des formats appropriés et intelligibles par Christophe, par exemple sous forme de tables de comptages récapitulatives ou de graphiques. Leurs nombreuses discussions à chaque avancée ont notamment permis de faire évoluer la méthode d’analyse classique des expériences de séquençage durant laquelle les reads s’alignant à plusieurs endroits du génome, correspondant à des séquences répétées, sont généralement écartés alors qu’elles peuvent représenter jusqu’à 50% de leurs données. En fait, cette grande proportion de reads correspond à une réalité biologique. Par exemple, l’étude du méthylome des séquences d’ADN répétées a été longtemps ignorée au profit de régions supposées plus importantes fonctionnellement, alors que la moitié des évènements de méthylation de l’ADN ont lieu au sein des régions répétées. Ainsi Stéphanie à développer une expertise sur l’analyse de ce type de reads, et Christophe produit les données en conséquence de ses questions biologiques et apporte son expertise biologique dans l’interprétation des résultats intermédiaires et finaux.
Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?
Leur collaboration a commencé il y a une dizaine d’années. Depuis son arrivée à l’IGBMC, Christophe a soumis à la plateforme presque 2000 échantillons. Sur la plateforme GenomEast, les projets d’une équipe sont majoritairement pris en charge par un.e même ingénieur.e en bioinformatique permettant le suivi des problématiques scientifiques et la proposition de stratégies adaptées pour y répondre. Ainsi, à partir d’une relation de service, une collaboration scientifique s’est établie entre Stéphanie et Christophe depuis 2015 où chacun se nourrit des compétences de l’autre au travers d’une grande communication, élément clé de leur réussite. En effet, cette collaboration fructueuse a donné lieu à la publication de quatre articles. Ils co-signent notamment en 2021 un article présentant une nouvelle méthodologie d’analyse bioinformatique des données de séquençage haut-débit, qui permet de caractériser les profils épigénétiques des promoteurs de façon non-biaisée, en tenant compte de leur densité en dinucléotides CpG. Cette méthode a permis de mettre en évidence une influence majeure des îlots CpG dans l’organisation chromatinienne des promoteurs.
Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?
Au-delà de compétences techniques, Christophe attend une implication dans le projet au même niveau de chacun des collaborateurs quant à la définition de la démarche et de la stratégie avec leur point de vue et compétences complémentaires. Une attente particulière sur l’appropriation de la problématique scientifique afin d’apporter et proposer des solutions adaptées et sur une bonne communication qui, dans leur cas, a permis le développement de stratégies d’analyses bioinformatiques novatrices qui ont permis de mieux décrypter comment le génome et l’épigénome interagissent dans le contrôle des programmes d'expression génique.
Leur message
Bien que la bioinformatique soit un outil dans le processus d’analyse de données de séquences, une collaboration fine et un apprentissage réciproque des problématiques est des plus profitables pour faire avancer les expertises des uns et des autres et aboutissent à des résultats scientifiques de plus en plus aboutis.