Actualités
La SFBI soutient le printemps de l'interdisciplinarité
Du 7 au 9 juin dernier, la Cossaf (Collège des Sociétés Savantes de France) a organisé les printemps de l'interdisciplinarité. Cet évènement avait pour but de mettre en lumière et discuter de l'interdisciplinarité en place mais aussi entre disciplines éloignées.
La SFBI est heureuse d'avoir soutenu l'organisation de cette belle initiative.
https://societes-savantes.fr/mesmerize-3/printemps-de-linterdisciplinarite/
Interview de Stéphanie Le Gras et Christophe Papin
Mutualisme entre une bioinformaticienne de plateforme et un (chercheur) biologiste
Cartes d’identité :
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Entretien
Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?
Comment et où les variants d’histone (ex : H3.3, H2A.Z) remplacent les histones canoniques au sein des nucléosomes, quel impact sur la structure de la chromatine et in fine sur l’expression des gènes ?
Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?
Stéphanie a développé une expertise dans l’analyse des données issues d’expériences de ChIP-seq permettant la localisation génomique des marques d’histone sur l’ADN. Néanmoins, les projets sur lesquels elle intervient demandent l’analyse de différents autres types de données (RNA-seq, DIP-seq, DNAse-seq etc.) devenant ainsi un « couteau suisse », ce qui est assez propre au travail dans les plateformes de service. Christophe s’intéresse depuis son post-doctorat aux rôles des histones variants et de la méthylation de l’ADN dans la régulation transcriptionnelle qu’il étudie en intégrant des données de ChIP-seq, de DIP-seq, de whole-genome-bisulfite-sequencing et de RNA-seq générant des centaines d’expériences de séquençage. Il est expert de la chromatine et associe des données structurales, génétiques et génomiques pour identifier les déterminants génétiques et épigénétiques qui contrôlent le méthylome au cours de la différenciation cellulaire, mais aussi dans certaines situations pathologiques.
Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?
Stéphanie analyse les données issues de séquençage, des données brutes (évaluation de la qualité, nettoyage, alignement sur génome de référence) jusqu’à la réalisation d’analyses avancées et ce, afin de répondre aux questions biologiques posées (e.g. quelles sont les répétitions du génome qui sont différentiellement exprimées entre différentes conditions expérimentales). Elle présente ensuite les résultats dans des formats appropriés et intelligibles par Christophe, par exemple sous forme de tables de comptages récapitulatives ou de graphiques. Leurs nombreuses discussions à chaque avancée ont notamment permis de faire évoluer la méthode d’analyse classique des expériences de séquençage durant laquelle les reads s’alignant à plusieurs endroits du génome, correspondant à des séquences répétées, sont généralement écartés alors qu’elles peuvent représenter jusqu’à 50% de leurs données. En fait, cette grande proportion de reads correspond à une réalité biologique. Par exemple, l’étude du méthylome des séquences d’ADN répétées a été longtemps ignorée au profit de régions supposées plus importantes fonctionnellement, alors que la moitié des évènements de méthylation de l’ADN ont lieu au sein des régions répétées. Ainsi Stéphanie à développer une expertise sur l’analyse de ce type de reads, et Christophe produit les données en conséquence de ses questions biologiques et apporte son expertise biologique dans l’interprétation des résultats intermédiaires et finaux.
Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?
Leur collaboration a commencé il y a une dizaine d’années. Depuis son arrivée à l’IGBMC, Christophe a soumis à la plateforme presque 2000 échantillons. Sur la plateforme GenomEast, les projets d’une équipe sont majoritairement pris en charge par un.e même ingénieur.e en bioinformatique permettant le suivi des problématiques scientifiques et la proposition de stratégies adaptées pour y répondre. Ainsi, à partir d’une relation de service, une collaboration scientifique s’est établie entre Stéphanie et Christophe depuis 2015 où chacun se nourrit des compétences de l’autre au travers d’une grande communication, élément clé de leur réussite. En effet, cette collaboration fructueuse a donné lieu à la publication de quatre articles. Ils co-signent notamment en 2021 un article présentant une nouvelle méthodologie d’analyse bioinformatique des données de séquençage haut-débit, qui permet de caractériser les profils épigénétiques des promoteurs de façon non-biaisée, en tenant compte de leur densité en dinucléotides CpG. Cette méthode a permis de mettre en évidence une influence majeure des îlots CpG dans l’organisation chromatinienne des promoteurs.
Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?
Au-delà de compétences techniques, Christophe attend une implication dans le projet au même niveau de chacun des collaborateurs quant à la définition de la démarche et de la stratégie avec leur point de vue et compétences complémentaires. Une attente particulière sur l’appropriation de la problématique scientifique afin d’apporter et proposer des solutions adaptées et sur une bonne communication qui, dans leur cas, a permis le développement de stratégies d’analyses bioinformatiques novatrices qui ont permis de mieux décrypter comment le génome et l’épigénome interagissent dans le contrôle des programmes d'expression génique.
Leur message
Bien que la bioinformatique soit un outil dans le processus d’analyse de données de séquences, une collaboration fine et un apprentissage réciproque des problématiques est des plus profitables pour faire avancer les expertises des uns et des autres et aboutissent à des résultats scientifiques de plus en plus aboutis.
Décès - Bernard Jacq
“…Important progress in our present knowledge of interaction networks and of the interactome are essential to understand how gene functions and regulations are integrated at the level of an organism.”
Bernard Jacq (1950-2022)
Directeur de Recherches CNRS
A l’international, il fut celui qui en 1999, pensa et conceptualisa l’ensemble des interactions moléculaires et génétiques d’un organisme comme un réseau qui nous informerait sur le lien entre génotype et phénotype, donnant ainsi son nom à l’interactome et au champ thématique correspondant, l’interactomique.
Au niveau européen, il organisa avec le Pr Roland Rosset, la 11ème Conférence Européenne de Recherche sur la Drosophile, qu’il avait envisagé sur un bateau entre Marseille et la Corse, et qui finalement eu lieu du 5 au 8 septembre 1989 à Marseille-Luminy. En ce temps-là, organiser un tel congrès était un véritable tour de force; pas de mail, pas d’internet, au mieux un téléphone et/ou un Fax, les invitations se faisant par courrier postal!
Nationalement, membre du Conseil d’Administration de Sauvons la Recherche !, il oeuvra notamment dans les années 2005-2010, pour la liberté d’une recherche en biologie fondamentale débarrassée de tout impératif économique et pour le maintien de la biologie au sein du CNRS.
Localement, il initia l’enseignement de la bioinformatique à l’Université de la Méditerranée, en créant en 2000, avec quelques collègues, le DEA de Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Cette formation qui se poursuit aujourd’hui, a produit des dizaines d’actuels Directeurs, Chargés, Ingénieurs de Recherches et Maître de Conférences, qui font la bioinformatique d’aujourd’hui et l’enseignent partout en France et ailleurs.
Il était pour nous d’un soutien efficace et généreux, un aiguillon permanent (!), un collègue pionnier, fantasque, précieux et humainement engagé.
“… the total number of genes of an organism is less important than the complete repertoire of interactions potentially encoded by its genome (the interactome). Indeed, a small difference in the number of genes between two organisms could be sufficient to cause a large increase in the number of interactions (and hence a larger organizational complexity of the organism), provided that the ‘new’ genes code for proteins with a large potential. It is our belief that important progress in our present knowledge of interaction networks and of the interactome are essential to understand how gene functions and regulations are integrated at the level of an organism.”
Sanchez, Lachaize, Janody, Bellon, Röder, Euzenat, Rechenmann and Jacq (1999) Nucl. Acids Res. 27 :89-94.
Christine Brun, DR CNRS, TAGC Aix-Marseille Université – Inserm, Marseille
Laurence Röder, MCU AMU, TAGC Aix-Marseille Université – Inserm, Marseille
Laurent Fasano, DR CNRS, IBDM Aix-Marseille Université – CNRS, Marseille
Soutien aux scientifiques et étudiant.e.s Ukrainien.ne.s
Une fois n'est pas coutume, la SFBI souhaite vous informer de sujets qui ne sont pas strictement liés à la bioinformatique.
Tout d'abord, nous souhaitons vous informer que la SFBI apporte son soutien au peuple Ukrainien en ces temps de guerre.
Le collège des Sociétés Savantes Académiques de France a listé des initiatives pour aider les scientifiques étudiant.e.s Ukrainien.ne.s. Vous pouvez les retrouver en cliquant sur ce lien.
Bilan des offres d'emploi et stages 2021
Pour l’année 2021, et à partir de la réouverture du site web de la SFBI avec notamment la possibilité de publier des offres d’emploi et stage (avril 2021), 735 annonces ont été postées:
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328 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (189), ainsi que 72 thèses, et 56 contrats d’apprentissage.
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405 offres d’emploi dont 27.1% à durée indéterminée. Ces offres s’adressaient aux candidats en ingénierie ( de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé) pour 64% des offres en contrat court, et pour 51% en contrat à durée indéterminé, 31.6% et 20.9% aux chercheurs et enseignant-chercheurs, et 3% et 27% aux autres postes.
On retrouve majoritairement des offres du domaine de l’analyse de données séquences génomiques et transcriptomiques mais également du domaine du machine learning et de la modélisation.
Dans les semaines qui viennent nous posterons sur le site de la SFBI un bilan plus détaillée des offres 2021, avec notamment une descriptions géographiques, et de niveau de salaire.
Pour 2022, à la date du 10 février, 115 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI.
Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous