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Actions soutenues par la SFBI en 2021

Depuis longtemps, la SFBI soutient la communauté pour participer à des congrès via des bourses de voyage. En 2021, ce système de bourse s’est ouvert à l’organisation d'évènements liés à la bioinformatique et Prix.

 

Ainsi,  9 bourses de voyage ont été attribuées.

  • Ces bourses ont aidé 7 doctorant.e.s et 2 post-doctorant.e.s à assister aux journées du GDR BIM et aux groupes de travail (MASIM, seqBIM et Bioss) qui se sont déroulés à Lyon en novembre dernier. Le retour des participants a été unanime quant à la convivialité, la richesse des discussions et l’apport significatif des conférences dans leurs projets respectifs. Voilà quelques témoignages qui vous donneront peut être envie d’y participer à l’automne prochain :
    J’étais content de faire une présentation dans une petite conférence, pas intimidante et dans laquelle je me suis senti très à l’aise”,  “des opportunités de collaborations se sont présentées”, “[Il y a eu de] nombreuses informations sur les alternatives actuelles aux journaux à buts lucratifs, ainsi qu’à l’Open Science”, “La petite taille du GT Bioss permet de garder un aspect humain où il est facile d’échanger avec tout le monde”, “[J’ai reçu de] nombreux retours intéressants par rapport à mon travail, permettant d’ouvrir de nouvelles opportunités de travail, de nouveaux axes de développement”.

Plusieurs villes ont répondu avec enthousiasme à l’organisation d’événements délocalisés de JOBIM2021 afin de recréer la convivialité de ce moment privilégié que sont ces journées pour la communauté. Avec l’aide de la SFBI, Lilles, Bordeaux, Nice et Montpellier ont pu proposer un lieu de rencontre, de diffusion des conférences et de pauses gourmandes.

 

Enfin, la SFBI a attribué des prix lors de 2 conférences en 2021:

  • Pradeep Eranti (UMRS 1124 Group of Genomic Epidemiology of Multifactorial Diseases, INSERM, Paris) a été lauréat du prix de la meilleure présentation en bioinformatique lors de la conférence European Mathematical Genetic Meeting. La conférence s’est déroulée en ligne et selon les mots de Pradeep s’est très bien déroulée, “the organizers tried their best to make the virtual experience as friendly as possible to the attendees”, même si les opportunités de prises de contact à distance étaient plus difficiles, “I missed the networking opportunities in this pandemic edition”. Son retour est néanmoins très positif, “I have been lucky to participate in this meeting to learn topics relevant to my thesis, and I could apply some of the knowledge later on".
     
  • Lada Isakova, (IBENS / ENS, Paris), Laura Morel (Genphyse / INRAE, Toulouse) et Camille Roquencourt (CEA, Saclay), ont respectivement reçu les prix SFBI des deux meilleurs posters et de la meilleure présentation orale lors des JOBIM2021.

Pour l’année à venir, nous prévoyons de relancer ces différents appels à manifestation qui nous semble un bon moyen de soutenir la communauté de bioinformatique française.


Décès - Christophe Caron

Le bureau de la SFBI s'associe aux messages et hommages ci-dessous, nous sommes très marqués par la disparition de Christophe.

Si vous souhaitez laisser un témoignage, merci d'utiliser le système de commentaires ci-dessous.

Morgane Thomas-Chollier et Hélène Chiapello, pour le bureau de la SFBI

Message du 5 mai 2018 de Jacques van Helden et Claudine Medigue (IFB):

C'est avec une immense tristesse, et dans un état de choc total, que nous vous faisons part du décès de Christophe Caron, survenu hier en fin de journée suite à une crise cardiaque, alors qu'il s'adonnait à son sport favori : le foot (il était défenseur droit...).

Christophe était apprécié de nous tous pour son enthousiasme, son dynamisme, sa volonté de faire avancer tout ce qu'il entreprenait, sa capacité à fédérer, son amour du travail collectif, son égale bonne humeur et sa joie de vivre... la liste est longue.

Son investissement a profondément marqué la communauté bioinformatique et notamment l'IFB, dont il fut un pionnier de plusieurs actions (communauté Galaxy, développement de ressources en lien avec MetaboHub, e-learning) et devint  un moteur de la réorientation, en tant que co-concepteur du projet 2018-2021, responsable du déploiement d'un réseau distribué de ressources informatiques, pilote de la task force mutualisée, et membre du collège de direction.

Christophe laissera une trace durable dans nos esprits; il va terriblement nous manquer !

Bien amicalement,

Jacques et Claudine


Message du 7 mai 2018 de Hervé Monod pour l'INRA:

Chers collègues,

C'est avec une très grande tristesse que nous vous faisons part du décès de Christophe Caron, survenu brutalement vendredi 4 mai au cours d’une activité sportive. Christophe était ingénieur de recherche INRA et directeur de l'unité Ingenum (département MIA) située sur le centre de Toulouse.

Les obsèques de Christophe auront lieu le mercredi 9 mai à 14h30 à la Chapelle Saint Pierre de Saint Pol de Léon. Une dernière visite peut lui être rendue au centre funéraire dans la zone de Kervent. Il sera ensuite inhumé à Plougernevel près de Rostenen. 

Cette nouvelle est un choc pour beaucoup d'entre nous, car Christophe était une personne très dynamique et avide de contacts, à la croisée de nombreux chantiers d'importance pour l'institut dans le cadre de la bioinformatique et du numérique.

Christophe a exercé ses activités professionnelles au centre INRA de Jouy-en-Josas de 1993 à 2008, période au cours de laquelle il est devenu ingénieur diplômé du CNAM en informatique. Technicien réseau puis ingénieur « systèmes et réseaux » pour la direction informatique de Jouy, Christophe a ensuite joué un rôle essentiel pour l’unité MIG (Mathématique, Informatique et Génome), commune à trois départements INRA et pionnière de la bioinformatique, en particulier en créant la plateforme Migale. De fin 2008 à 2016, Christophe a été recruté par le CNRS comme responsable du service informatique et bio-informatique de la Station Biologique de Roscoff, assurant le développement d'une autre plateforme de bioinformatique (ABiMS pour "Analysis and Bioinformatics for Marine Science") et la co-coordination de l'axe bio-informatique du dispositif inter-régional Biogenouest. C'est pendant cette période qu'il est devenu membre du comité de pilotage de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) et qu’il a initié la structuration de la communauté Galaxy française. 

Revenu à l'INRA début 2016, Christophe a participé à l'aventure de l'unité Ingenum, créée sur le centre de Toulouse au sein du département MIA et sous l'égide du DTN (Délégué à la Transition Numérique). La vocation d'Ingenum est d'accompagner les unités des départements de recherche de l'INRA pour qu'elles répondent aux défis de la transition numérique. L'attrait pour cette mission a conduit Christophe à travailler à l'élaboration d'une nouvelle feuille de route pour Ingenum, à mobiliser des ingénieurs pour l'accompagner et à prendre la direction officielle de l'unité depuis le 1er février 2018. Dans ce cadre, Christophe était impliqué dans de nombreux chantiers INRA liés au numérique et à vocation très transversale: AgroDataRing, CATIs 3G, e-infrastructures, catalogue des actifs stratégiques, pépinière SDN, etc. Loin de se satisfaire de ces seules activités, Christophe s'était fortement investi en parallèle dans le nouveau projet de l'IFB porté par Claudine Médigue (CNRS) et Jacques van Helden (AMU), pour lequel il copilotait le workpackage Infrastructures de Calcul et dont il avait été nommé membre du comité de direction. Il était également co-initiateur et co-porteur de la toute récente e-infrastructure OMeR dédiée à l’analyse de données de métabolomique.

Fort de ces multiples activités et voyageur infatigable, Christophe était en relation avec un nombre incalculable de collègues à l'INRA et en dehors de l'INRA, qui ont tous eu l'occasion d'apprécier ses compétences, son esprit créatif et collectif, sa volonté d'entraîner les autres avec conviction et bienveillance. Les témoignages convergent pour louer ses qualités humaines et professionnelles exceptionnelles et pour regretter que leur cours soit interrompu si brusquement. 

Avec Christine Cherbut, directrice générale déléguée à la science de l’INRA, de très nombreux collègues de Christophe s’associent à nous pour témoigner de leur sincères condoléances à sa famille, à ses amis et à ses collègues les plus proches. 

Hervé Monod (CD MIA), Michaël Chelle (DTN), Hélène Chiapello, Christine Cierco-Ayrolles, Christine Gaspin, Sophie Schbath


Soumis par Chunlong le ven, 18/05/2018 - 22:43.

 

Je suis très triste d’apprendre cette nouvelle. Sa disparition fut vraiment un grand choc pour moi. Christophe est un collègue et ami que j’apprécie beaucoup.

 

Avec Claude, nous avons eu de la chance de rencontrer Christophe au cours de l'organisation de la 1ère édition de l’Écoles de Bio-informatique de Roscoff. Christophe est quelqu'un de très compétent, impliqué et efficace. Sans lui, nous n’aurions pas eu tel grand succès. Nous arriverons en 7ème édition cette année. Je garderai le souvenir des soirées, des plateaux de fruits de mer, et ses bonnes humeurs à Roscoff. Je regret également de jamais aller au bar avec lui à Roscoff pendant les Écoles Bio-informatiques.  Christophe, tu vas nous manquer.

 

Chunlong


 

Soumis par guillemette.marot le ven, 18/05/2018 - 17:18.

Encore choquée par cette disparition, j'adresse toutes mes condoléances à toute la famille et les proches de Christophe.

J'ai fait la connaissance de Christophe quand j'étais en thèse à Jouy-en-Josas et l'ai retrouvé avec plaisir à l'IFB, quelques années plus tard. Pour moi, il restera une personne dynamique, tournée vers les autres,  travaillant toujours en vue du bien commun. Dans l'un des derniers mails qu'il m'a adressés, il souhaitait donner une nouvelle forme au groupe de travail Galaxy et a utilisé un terme qui était tout à son image, je cite ci-après un extrait de son mail:  " [...] réfléchir aux formes du GT pour la suite, avec un nouveau terme mais qui a du sens : Community Building ! ". Clairement, Christophe participait à la construction de la communauté bioinfo et il va profondément nous manquer!

Guillemette Marot, co-responsable de la plateforme bilille (plateforme de bioinformatique et bioanalyse de Lille)


 

Soumis par fjourdan le mer, 16/05/2018 - 12:40.

 

Je me joins à tous les messages sur le dynamisme, le professionnalisme et l'humanité de Christophe. Il va nous manquer professionnellement et personnellement. Ce fut un choc dont j’ai toujours du mal à me remettre.

Je ne sais pas s’il y a un « quelque part » ou un « quelque chose » après la vie. Mais si c’est le cas, ceux qui sont maintenant avec lui doivent s’attendre à monter des milliers de projets, à passer des nuits très courtes à bosser dans la bonne humeur et avec enthousiasme. Pas sûr que Christophe puisse y faire de la plongée comme il aimait ou y boire ses rhums préférés. Mais c’est certain que pour les gens là-haut ou là-bas, comme pour nous, il y aura un avant et un après cette belle rencontre.

Tu vas nous manquer mec.

 

Fabien JOURDAN - PhD - DR2 INRA
Fabien.Jourdan@inra.fr
Tel - +33 (0)5 82 06 63 95 -
INRA UMR1331 Toxalim
180 chemin de Tournefeuille St-Martin-du-Touch
BP 3 31931 TOULOUSE CEDEX France


Soumis par yves.vandenbrouck le ven, 11/05/2018 - 16:56.

La nouvelle tombée ce samedi, nous a laissés incrédules puis abasourdis; aujourd’hui c’est un sentiment de profonde tristesse et un désarroi certain tant Christophe va terriblement manquer à notre communauté dont il était devenu l’un des piliers majeurs.

Son investissement indéfectible, sa rigueur et son professionnalisme, sa vision de ce que doit être le service à la communauté, sa curiosité et son enthousiasme, sa disponibilité et son ouverture aux autres, sa volonté de fédérer au-delà des « chapelles » sont autant de traits marquants de la personnalité de Christophe. Ajoutons un collègue respecté et estimé avec qui il faisait bon partager un moment autour d’un café, d’une dégustation de vins espagnols ou d’une bonne assiette que ce soit pour parler « architecture, cambouis et uchronies du Unix-haters», de nouveaux concepts dont il était toujours à l’affût, mais aussi plongée sous-marine ou tout simplement se marrer… 

A titre personnel, j’ai rencontré Christophe alors tout jeune administrateur système de l’unité MIG (je peux vous dire que c’était chaud ;-)) et suivi ses évolutions jusqu’à ses multiples responsabilités d’aujourd’hui, en passant par la construction de la plate-forme Migale à Jouy puis ABIMS à Roscoff. Bâtisseur et « passeur », Christophe a investi tous les champs de l’activité acquérant une palette de compétences peu commune et sachant repérer et accompagner les jeunes talents. Il s’est révélé visionnaire et innovant en promouvant l’environnement Galaxy, devenant un acteur reconnu au niveau international. Prenant régulièrement « son bâton de pélerin » comme il disait, Christophe avait aussi cette qualité rare de savoir établir des ponts entre les scientifiques de l’hexagone en identifiant les solutions bioinformatiques: il était « l’interface » idéale pour réussir à faire interagir les différentes communautés sans jamais chercher à se mettre en avant. Par exemple, c’est fort de ses réalisations audacieuses avec la communauté métabolomique (l’excellent W4M !), qu’il a fait la démarche d’aller vers les protéomiciens et su nous convaincre de réitérer l’aventure en nous proposant de construire ensemble le projet ProteoRE; les collègues ici, se souviennent de son écoute attentive, l’œil pétillant, et de l’enthousiasme qu’il suscitait chez eux lors de nos réunions grenobloises; pour nous c’était un plaisir de travailler avec lui aussi bien sur le plan professionnel qu’humain ! Ce projet est aujourd’hui ouvert au public et nous mesurons ce qu’il lui doit. C’est cette vision fédérative au service de la collectivité qu’il nous laisse en héritage, à nous de continuer de la faire vivre…

Si la disparition prématurée de Christophe nous laisse inconsolable, son dynamisme et son sens aigu du « construire ensemble » qu’il a insufflé     au sein de la communauté (pas que) bioinformatique font que, j’en suis certain, son souvenir restera pour longtemps dans nos esprits, que ce soit au travers de la poursuite de ses projets ou de son parcours en tant que source d’inspiration.  

Nous adressons tout notre soutien et sommes de tout cœur avec sa famille, ses proches, amis et collègues dans cette douloureuse épreuve,

Yves Vandenbrouck et de la part de l’équipe ProteoRE (Virginie Brun, Florence Combes, Maud Lacombe, Lien Nguyen, Lisa Perus, Marianne Tardif, Christophe Bruley, Benoit Gilquin, Valentin Loux) 


 

Soumis par amel.raboudi le ven, 11/05/2018 - 16:20.

Je n'ai pas eu l'opportunité de travailler en vrai avec Christophe Caron, mais le peu de fois où nous avons échangé, m'ont permis de découvrir quelqu'un de dévoué pour son travail.

J'aurais absolument aimé continuer d'échanger avec lui, concernant les thématiques du #StorageDay2018, ingenum, etc. Et j'appelle vivement à organiser un StorageDay2019 en son hommage!

Je viens d'apprendre sa mort, c'est un vrai choc pour moi! Que son âme reste en paix....

Toutes mes condoléances à sa famille, ses proches, ses amis et ses collègues!

Amel RABOUDI
Doctorante CIFRE
Fealinx – Inserm - UTC
Twitter : @Raboudi_Amel


 

Soumis par helene.chiapello le ven, 11/05/2018 - 09:00.

Texte  d'Erwan Corre et Gildas Le Corgulllé lu aux obsèques de Christophe

Christophe avait rejoint la Station Biologique de Roscoff en décembre 2008 après avoir passé de nombreuses et très riches années à Jouy.

Mu par son irrésistible talent d’entrepreneur, nous avons pu faire grandir tous ensemble dès 2009 la plateforme ABiMS, dont les premières graines avaient été semées par Olivier Collin quelques années auparavant. 

Au même moment, enthousiasmé par la proximité de la mer, Christophe décide de se lancer dans une nouvelle expérience de marin en entraînant ses collègues josaciens (auxquels il faisait croire qu’il faisait toujours beau à Roscoff) ….. en les entraînant donc très rapidement sur les premiers récifs venus. 

Quitte à finir à l’eau, il décide donc de se concentrer sur sa passion de toujours : la plongée sous marine. Et finalement, Virtual Regatta, s’avèrera être une alternative toute à fait satisfaisante et sécurisante ainsi qu’un lieu idéal pour donner libre court à son goût de la compétition . 

Son énergie, son dynamisme et son sens du travail en réseau nous permettrons d’être impliqués dans de nombreux projets enthousiasmants où son approche agile, pragmatique et bottom-up séduisait les collaborateurs …  peut être plus encore que ses emails dénués de voyelles et souvent également dénués de verbes et de compléments, mais emails affreusement efficaces.

Christophe était un bâtisseur dans l’âme. Grand collectionneur d’outils Festools ou Makita il avait la capacité de nous embarquer tous dans ses projets avec dynamisme et bonne humeur, jusqu’à mobiliser l’équipe entière pour remettre à niveau la pelouse d’une de ses amie à Santec

Attaché profondément au travail en groupe, et au bien être de chacun, il aura permis à l’équipe de passer de 5 ingénieurs et techniciens à près de 18 personnes. Il sera également parvenu à pérenniser les emplois de 3 personnes au sein de l’équipe. 

Il aura scellé de manière durable la cohésion de l’ensemble du service grâce à l’organisation de réunions formelles et informelles comme les sorties d’équipes au Lac du Drennec, sur l'Île de Batz, à Carantec ou des BBQ autour d’un peu de pâté … parfois périmé

Nous aurons tous bénéficié, en tant que membres de ses équipes à Jouy, à Roscoff et à Toulouse ou comme simple collaborateurs, de sa grande expérience et de son sens du travail collectif. 

Christophe ‘’CC’’ était quelqu’un de profondément généreux tant dans ses emportements que dans toute l’énergie qu’il nous mettait à disposition pour mener à bien nos projets.

Il savait faire preuve de pugnacité et avait des convictions fortes mais s’avait également s’ouvrir à d’autre opinions et n’hésitait pas à partager avec quelques uns d’entre nous ses doutes.

Il aura été aussi un des premier à saisir les potentialités offertes par un autre outil : Galaxy. Et sera parvenu à fédérer la communauté française autour de cet outil en donnant naissance au groupe de travail de l’IFB et au projet Workflow4Metabolomics, né comme il aimait à le rappeler d’une réponse pragmatique au besoin des utilisateurs

Fidèle à ses talents d’animateur Christophe a, par son humour, insufflé dans ce groupe, comme dans tous ceux auxquels il a participé, une ambiance de travail motivante et plus que conviviale. 

Les évènements et les formations de ces groupes de travail resteront un grand souvenir pour les personnes impliquées. En particulier les soirées qui s’éternisaient sur des fous-rires, des mouettes, des monologues sur les outils Festools (oui, encore), des discussions tardives et des promesses de colloque aux Maldives ...

Christophe à force d'énergie avait poursuivit une carrière exceptionnelle : recruté comme technicien réseaux il avait récemment pris la direction d’une l'unité de l’INRA. 

Fervent défenseur des projets fédératifs, il a joué un rôle crucial dans la refonte de l’IFB en 2017. Il était, entre autre, le chef d’orchestre de sa Task Force, d’une dizaine d’ingénieurs venant de toute la France, engagés pleinement à ses côtés pour le montage de la nouvelle infrastructure de calcul. Car comme le disait simplement l’un d’entre eux : “Parce que Christophe !”

Près de 200  personnes au travers la France et en Europe ont montré une marque d’affection et de respect pour Christophe depuis ces 3 derniers jours. Parce que c’était ça la CC Connection, des pieds à terre partout : Pasteur, Strasbourg, Jussieux, Rennes, Jouy, Toulouse, Bordeaux, Grenoble, la salle visio de Roscoff, Santec, le Lounge de Roissy et d’Orly et … C’était la question récurrente : « mais du coup, tu es où là, Christophe ? »

Un albatros a pris son envol et son absence va laisser un vide immense. 

Les hommes aiment parfois laisser quelque chose derrière eux. Ne t’inquiète pas pour ça, tu as marqué ton passage et tout à chacun, nous tâcherons de faire au mieux pour continuer ce que tu as entrepris. 


 

Soumis par hugo_duvergey le ven, 11/05/2018 - 01:49.

J'ai appris cette nouvelle il y a quelques jours, vivant à l'autre bout du monde, et comme beaucoup, je suis un peu sonné.

Christophe était quelqu'un de très compétent et impliqué dans le domaine professionel, capable de soulever des montagnes envers et contre tout (ce qui n'est parfois pas une mince affaire dans le domaine de la Recherche).

Mais c'était surtout cet espèce de clown toujours de bonne humeur, avec ce sourire en coin et ce regard malicieux qui semblaient toujours vouloir dire "j'en pense pas moins".

Je n'ai techniquement travaillé que six mois dans le même labo que labo que lui, il y a maintenant plus de dix ans, et à vrai dire, je ne me souviens même plus si nous avons eu la moindre interaction professionnelle à l'époque. Mais nous sommes toujours restés en contact régulier malgré les années et les distances, et c'était toujours un plaisir de le revoir chaque fois que la moindre occasion se présentait.

Adieu l'ami, je suis certain que tu t'es déjà réincarné quelque part en un personnage des Mille et Une Nuits, à mi-chemin entre le djinn d'Aladin et Sinbad le plongeur...


 

Soumis par AUBERT Julie le mer, 09/05/2018 - 11:42.

Attristée, choquée par la disparition soudaine de Christophe, je n’arrive pas à me dire que je ne le reverrai pas. Je ne peux, comme tout le monde, que louer ses qualités humaines autant que professionnelles. J’ai rencontré Christophe lors de nos premières formations organisées sur la plateforme migale il y a déjà une dizaine d’années et l’ai ensuite cotoyée à de nombreuses reprises. Toujours par monts et par vaux entre Toulouse, Paris et la Bretagne Christophe savait quand même trouver du temps pour chacun (autour d’un verre ou dans un couloir). J’ai pu apprécier sa présence lors de ma soutenance de thèse l’an passé. Ton dynamisme, ton sourire nous manquera. La communauté bioinformatique perd bien plus qu’un membre important. Toutes mes pensées pour ses proches (famille et amis).

 Julie Aubert    


 

Soumis par Morgane Thomas-... le mar, 08/05/2018 - 20:59.

C'est au cours de l'organisation des Ecoles de Bioinformatique de Roscoff que j'ai rencontré Christophe. Il était accessible, toujours disponible et accueuillant, que ce soit pour un étudiant ou un collègue. Très professionel, mais toujours avec une pointe d'humour, les réunions avec toi devenaient un plaisir. Je ne sais pas comment tu arrivais à donner de ton temps, de ton énergie et de ta bonne humeur à autant de personnes, c'est toute une communauté à qui tu vas terriblement manquer. Je garderai le souvenir des dîners de gala à JOBIM, des plateaux de fruits de mer à Roscoff. Et ton sourire.

Morgane Thomas-Chollier


Soumis par malaux le mar, 08/05/2018 - 12:13.

C'est avec une grande tristesse que Célia et moi avons appris cette terrible nouvelle.

Nous avons tous les deux rencontrés Christophe lorsque nous travaillions à MIG.

Nous garderons le souvenir de son incroyable dynamisme et sa grande gentillesse.

Nos pensées vont à ses proches et ses collègues.

Christophe va beaucoup nous manquer.


 

 


Evènements en 2022

Pour ce premier semestre 2022, quelques évènements sont programmés en ligne ou en présentiel, à vos calendriers.


MARS 2022


AVRIL 2022


MAI 2022


JUIN 2022

JUILLET 2022

SEPTEMBRE 2022


Bulletin SFBI 2022 #1

La SFBI est heureuse de vous présenter son premier bulletin d'information 2022. Vous recevrez chaque trimestre un mail de synthèse sur les principales nouvelles de la communauté SFBI, ainsi que les activités de la SFBI et actions en cours. En complément de ce mail, nous vous invitons à découvrir et lire les actualités sur le nouveau site de la SFBI et celles du site des Bioinfomations. Ce dernier site regroupe les articles des actualités de la SFBI, les Jeunes Bioinformaticiens de France, Bioinfo-fr.net, IFB et du GDR-BIM.


- Dernières nouvelles

 - Activités de la SFBI (Fin 2021-1er trimestre 2022)
 

 

 - Actions en cours


Très bonne lecture !